root/galaxy-central/tools/fasta_tools/fasta_to_tabular.py

リビジョン 2, 0.9 KB (コミッタ: hatakeyama, 14 年 前)

import galaxy-central

行番号 
1#!/usr/bin/env python
2# This code exists in 2 places: ~/datatypes/converters and ~/tools/fasta_tools
3"""
4Input: fasta, int
5Output: tabular
6format convert: fasta to tabular
7"""
8
9import sys, os
10
11def __main__():
12    infile = sys.argv[1]
13    outfile = sys.argv[2]
14    keep_first = int( sys.argv[3] )
15    fasta_title = fasta_seq = ''
16    if keep_first == 0:
17        keep_first = None
18    else:
19        keep_first += 1
20    out = open( outfile, 'w' )
21    for i, line in enumerate( open( infile ) ):
22        line = line.rstrip( '\r\n' )
23        if not line or line.startswith( '#' ):
24            continue
25        if line.startswith( '>' ):
26            if i > 0:
27                out.write('\n')
28            out.write(line[1:keep_first])
29            out.write('\t')
30        else:
31            out.write(line)
32    if i > 0:
33        out.write('\n')
34    out.close()
35
36if __name__ == "__main__" : __main__()
37   
Note: リポジトリブラウザについてのヘルプは TracBrowser を参照してください。