root/galaxy-central/tools/fasta_tools/tabular_to_fasta.xml

リビジョン 2, 1.4 KB (コミッタ: hatakeyama, 14 年 前)

import galaxy-central

行番号 
1<tool id="tab2fasta" name="Tabular-to-FASTA" version="1.1.0">
2        <description>converts tabular file to FASTA format</description>
3        <command interpreter="python">tabular_to_fasta.py $input $title_col $seq_col $output </command>
4        <inputs>
5                <param name="input" type="data" format="tabular" label="Tab-delimited file"/>
6                <param name="title_col" type="data_column" data_ref="input" multiple="True" numerical="False" label="Title column(s)" help="Multi-select list - hold the appropriate key while clicking to select multiple columns"/>
7                <param name="seq_col" type="data_column" data_ref="input" numerical="False" label="Sequence column" />
8        </inputs>
9        <outputs>
10                <data name="output" format="fasta"/>
11        </outputs>
12        <tests>
13                <test>
14                        <param name="input" value="solexa.tabular" />
15                        <param name="title_col" value="1,2,3,4" />
16                        <param name="seq_col" value="5" />
17                        <output name="output" file="tabular_to_fasta_out1.fasta" />
18                </test>
19        </tests>
20        <help>
21       
22**What it does**
23
24Converts tab delimited data into FASTA formatted sequences.
25
26-----------
27       
28**Example**
29
30Suppose this is a sequence file produced by Illumina (Solexa) sequencer::
31
32        5       300     902     419     GACTCATGATTTCTTACCTATTAGTGGTTGAACATC
33        5       300     880     431     GTGATATGTATGTTGACGGCCATAAGGCTGCTTCTT
34       
35Selecting **c3** and **c4** as the **Title column(s)** and **c5** as the **Sequence column** will result in::
36
37        &gt;902_419
38        GACTCATGATTTCTTACCTATTAGTGGTTGAACATC
39        &gt;880_431
40        GTGATATGTATGTTGACGGCCATAAGGCTGCTTCTT
41       
42        </help>
43</tool>
Note: リポジトリブラウザについてのヘルプは TracBrowser を参照してください。