root/galaxy-central/tools/filters/CreateInterval.pl

リビジョン 2, 455 bytes (コミッタ: hatakeyama, 14 年 前)

import galaxy-central

行番号 
1#! /usr/bin/perl -w
2
3# Accepts chrom, start, end, name, and strand
4# If strand is void sets it to plus
5# CreateInterval.pl $chrom $start $end $name $strand $output
6
7my $strand = "+";
8
9die "Not enough arguments\n" unless @ARGV == 6;
10
11open OUT, ">$ARGV[5]" or die "Cannot open $ARGV[5]:$!\n";
12
13$strand = "-" if $ARGV[4] eq "minus";
14$ARGV[3] =~ s/\s+/_/g;
15$ARGV[3] =~ s/\t+/_/g;
16
17print OUT "$ARGV[0]\t$ARGV[1]\t$ARGV[2]\t$ARGV[3]\t0\t$strand\n";
18close OUT;
19
Note: リポジトリブラウザについてのヘルプは TracBrowser を参照してください。