root/galaxy-central/tools/filters/fixedValueColumn.pl

リビジョン 2, 0.7 KB (コミッタ: hatakeyama, 14 年 前)

import galaxy-central

行番号 
1#! /usr/bin/perl -w
2
3use strict;
4use warnings;
5
6# fixedValueColumn.pl $input $out_file1 "expression" "iterate [yes|no]"
7
8my ($input, $out_file1, $expression, $iterate) = @ARGV;
9my $i = 0;
10my $numeric = 0;
11
12die "Check arguments\n" unless @ARGV == 4;
13
14open (DATA, "<$input") or die "Cannot open $input:$!\n";
15open (OUT,  ">$out_file1") or die "Cannot create $out_file1:$!\n";
16
17if ($expression =~ m/^\d+$/) {
18  $numeric = 1;
19  $i = $expression;
20}
21
22while (<DATA>) {
23  chop;
24  if ($iterate eq "no") {
25    print OUT "$_\t$expression\n";
26  } else {
27    print OUT "$_\t$i\n" if $numeric == 1;
28    print OUT "$_\t$expression-$i\n" if $numeric == 0;
29    ++$i;
30  }
31}
32
33close DATA;
34close OUT;
Note: リポジトリブラウザについてのヘルプは TracBrowser を参照してください。