root/galaxy-central/tools/filters/lav_to_bed_code.py @ 2

リビジョン 2, 0.8 KB (コミッタ: hatakeyama, 14 年 前)

import galaxy-central

行番号 
1#Set build, name, and info for each output BED file
2def exec_after_process(app, inp_data, out_data, param_dict, tool, stdout, stderr):
3    new_stdout = ""
4    filename_to_build = {}
5    for line in stdout.split("\n"):
6        if line.startswith("#FILE"):
7            fields = line.split("\t")
8            filename_to_build[fields[1]]=fields[2].strip()
9        else:
10            new_stdout = "%s%s" % ( new_stdout, line )
11    for name,data in out_data.items():
12        try:
13            data.info = "%s\n%s" % ( new_stdout, stderr )
14            data.dbkey = filename_to_build[data.file_name]
15            data.name = "%s (%s)" % ( data.name, data.dbkey )
16            app.model.context.add( data )
17            app.model.context.flush()
18        except:
19            continue
Note: リポジトリブラウザについてのヘルプは TracBrowser を参照してください。