root/galaxy-central/tools/filters/pasteWrapper.pl

リビジョン 2, 0.9 KB (コミッタ: hatakeyama, 14 年 前)

import galaxy-central

行番号 
1#! /usr/bin/perl -w
2
3use strict;
4use warnings;
5my $command = "";
6# a wrapper for paste for use in galaxy
7# pasteWrapper.pl [filename1] [filename2] [delimiter] [output]
8
9die "Check arguments" unless @ARGV == 4;
10
11if ($ARGV[2] eq 'T') {
12    $command = "paste $ARGV[0] $ARGV[1]";
13} elsif ($ARGV[2] eq 'C') {
14    $command = "paste -d \",\" $ARGV[0] $ARGV[1]";
15} elsif ($ARGV[2] eq 'D') {
16    $command = "paste -d \"-\" $ARGV[0] $ARGV[1]";
17} elsif ($ARGV[2] eq 'U') {
18    $command = "paste -d \"_\" $ARGV[0] $ARGV[1]";
19} elsif ($ARGV[2] eq 'P') {
20    $command = "paste -d \"|\" $ARGV[0] $ARGV[1]";
21} elsif ($ARGV[2] eq 'Dt') {
22    $command = "paste -d \".\" $ARGV[0] $ARGV[1]";
23} elsif ($ARGV[2] eq 'Sp') {
24    $command = "paste -d \" \" $ARGV[0] $ARGV[1]";
25}
26
27open (OUT, ">$ARGV[3]") or die "Cannot create $ARGV[2]:$!\n";
28open (PASTE, "$command |") or die "Cannot run paste:$!\n";
29
30while (<PASTE>) {
31    print OUT;
32}
33close OUT;
34close PASTE;
35   
Note: リポジトリブラウザについてのヘルプは TracBrowser を参照してください。