root/galaxy-central/tools/filters/wiggle_to_simple.xml

リビジョン 2, 2.8 KB (コミッタ: hatakeyama, 14 年 前)

import galaxy-central
行番号 
1<tool id="wiggle2simple1" name="Wiggle-to-Interval">
2  <description>converter</description>
3  <command interpreter="python">wiggle_to_simple.py $input $out_file1 </command>
4  <inputs>
5    <param format="wig" name="input" type="data" label="Convert"/>
6  </inputs>
7  <outputs>
8    <data format="interval" name="out_file1" />
9  </outputs>
10  <tests>
11    <test>
12      <param name="input" value="2.wig" />
13      <output name="out_file1" file="2.interval"/>
14    </test>
15    <test>
16      <param name="input" value="3.wig" />
17      <output name="out_file1" file="3_wig.bed"/>
18    </test>
19  </tests>
20  <help>
21**Syntax**
22
23This tool converts wiggle data into interval type.
24
25- **Wiggle format**: The .wig format is line-oriented. Wiggle data is preceded by a UCSC track definition line.  Following the track definition line is the track data, which can be entered in three different formats described below.
26
27  - **BED format** with no declaration line and four columns of data::
28
29      chromA  chromStartA  chromEndA  dataValueA
30      chromB  chromStartB  chromEndB  dataValueB
31
32  - **variableStep** two column data; started by a declaration line and followed with chromosome positions and data values::
33
34      variableStep  chrom=chrN  [span=windowSize]
35      chromStartA  dataValueA
36      chromStartB  dataValueB
37
38  - **fixedStep** single column data; started by a declaration line and followed with data values::
39
40      fixedStep  chrom=chrN  start=position  step=stepInterval  [span=windowSize]
41      dataValue1
42      dataValue2
43
44-----
45
46**Example**
47
48- input wiggle format file::
49
50    #track type=wiggle_0 name="Bed Format" description="BED format"
51    chr19 59302000 59302300 -1.0
52    chr19 59302300 59302600 -0.75
53    chr19 59302600 59302900 -0.50
54    chr19 59302900 59303200 -0.25
55    chr19 59303200 59303500 0.0
56    #track type=wiggle_0 name="variableStep" description="variableStep format"
57    variableStep chrom=chr19 span=150
58    59304701 10.0
59    59304901 12.5
60    59305401 15.0
61    59305601 17.5
62    #track type=wiggle_0 name="fixedStep" description="fixed step" visibility=full
63    fixedStep chrom=chr19 start=59307401 step=300 span=200
64    1000
65    900
66    800
67    700
68    600
69
70- convert the above file to interval file::
71
72    chr19       59302000        59302300        +       -1.0
73    chr19       59302300        59302600        +       -0.75
74    chr19       59302600        59302900        +       -0.5
75    chr19       59302900        59303200        +       -0.25
76    chr19       59303200        59303500        +       0.0
77    chr19       59304701        59304851        +       10.0
78    chr19       59304901        59305051        +       12.5
79    chr19       59305401        59305551        +       15.0
80    chr19       59305601        59305751        +       17.5
81    chr19       59307701        59307901        +       1000.0
82    chr19       59308001        59308201        +       900.0
83    chr19       59308301        59308501        +       800.0
84    chr19       59308601        59308801        +       700.0
85    chr19       59308901        59309101        +       600.0
86
87</help>
88</tool>
Note: リポジトリブラウザについてのヘルプは TracBrowser を参照してください。