root/galaxy-central/tools/plotting/xy_plot.xml

リビジョン 2, 5.6 KB (コミッタ: hatakeyama, 14 年 前)

import galaxy-central

行番号 
1<tool id="XY_Plot_1" name="Plotting tool" version="1.0.1">
2  <description>for multiple series and graph types</description>
3  <command interpreter="bash">r_wrapper.sh $script_file</command>
4
5  <inputs>
6    <param name="main" type="text" value="" size="30" label="Plot Title"/>
7    <param name="xlab" type="text" value="" size="30" label="Label for x axis"/>
8    <param name="ylab" type="text" value="" size="30" label="Label for y axis"/>
9    <repeat name="series" title="Series">
10      <param name="input" type="data" format="tabular" label="Dataset"/>
11      <param name="xcol" type="data_column" data_ref="input" label="Column for x axis"/>
12      <param name="ycol" type="data_column" data_ref="input" label="Column for y axis"/>
13      <conditional name="series_type">
14        <param name="type" type="select" label="Series Type">
15          <option value="line" selected="true">Line</option>
16          <option value="points">Points</option>
17        </param>
18        <when value="line">
19          <param name="lty" type="select" label="Line Type">
20            <option value="1">Solid</option>
21            <option value="2">Dashed</option>
22            <option value="3">Dotted</option>
23          </param>
24          <param name="col" type="select" label="Line Color">
25            <option value="1">Black</option>
26            <option value="2">Red</option>
27            <option value="3">Green</option>
28            <option value="4">Blue</option>
29            <option value="5">Cyan</option>
30            <option value="6">Magenta</option>
31            <option value="7">Yellow</option>
32            <option value="8">Gray</option>
33          </param>
34          <param name="lwd" type="float" label="Line Width" value="1.0"/>
35        </when>
36        <when value="points">
37          <param name="pch" type="select" label="Point Type">
38            <option value="1">Circle (hollow)</option>
39            <option value="2">Triangle (hollow)</option>
40            <option value="3">Cross</option>
41            <option value="4">Diamond (hollow)</option>
42            <option value="15">Square (filled)</option>
43            <option value="16">Circle (filled)</option>
44            <option value="17">Triangle (filled)</option> 
45          </param>
46          <param name="col" type="select" label="Point Color">
47            <option value="1">Black</option>
48            <option value="2">Red</option>
49            <option value="3">Green</option>
50            <option value="4">Blue</option>
51            <option value="5">Cyan</option>
52            <option value="6">Magenta</option>
53            <option value="7">Yellow</option>
54            <option value="8">Gray</option>
55          </param>
56          <param name="cex" type="float" label="Point Scale" value="1.0"/>
57        </when>
58      </conditional>
59    </repeat>       
60  </inputs>
61
62  <configfiles>
63    <configfile name="script_file">
64      ## Setup R error handling to go to stderr
65      options( show.error.messages=F,
66               error = function () { cat( geterrmessage(), file=stderr() ); q( "no", 1, F ) } )
67      ## Determine range of all series in the plot
68      xrange = c( NULL, NULL )
69      yrange = c( NULL, NULL )
70      #for $i, $s in enumerate( $series )
71        s${i} = read.table( "${s.input.file_name}" )
72        x${i} = s${i}[,${s.xcol}]
73        y${i} = s${i}[,${s.ycol}]
74        xrange = range( x${i}, xrange )
75        yrange = range( y${i}, yrange )
76      #end for
77      ## Open output PDF file
78      pdf( "${out_file1}" )
79      ## Dummy plot for axis / labels
80      plot( NULL, type="n", xlim=xrange, ylim=yrange, main="${main}", xlab="${xlab}", ylab="${ylab}" )
81      ## Plot each series
82      #for $i, $s in enumerate( $series )
83        #if $s.series_type['type'] == "line"
84          lines( x${i}, y${i}, lty=${s.series_type.lty}, lwd=${s.series_type.lwd}, col=${s.series_type.col} )
85        #elif $s.series_type.type == "points"
86          points( x${i}, y${i}, pch=${s.series_type.pch}, cex=${s.series_type.cex}, col=${s.series_type.col} )
87        #end if
88      #end for   
89      ## Close the PDF file
90      devname = dev.off()
91    </configfile>
92  </configfiles>
93
94  <outputs>
95    <data format="pdf" name="out_file1" />
96  </outputs>
97
98    <tests>
99        <test>
100            <param name="main" value="Example XY Plot"/>
101            <param name="xlab" value="Column 1"/>
102            <param name="ylab" value="Column 2"/>
103            <param name="input" value="2.tabular" ftype="tabular"/>
104            <param name="xcol" value="1"/>
105            <param name="ycol" value="2"/>
106            <param name="type" value="line"/>
107            <param name="lty" value="2"/>
108            <param name="col" value="2"/>
109            <param name="lwd" value="1.0"/>
110            <output name="out_file1" file="XY_Plot_1_out.pdf"/>
111        </test>
112    </tests>
113<help>
114.. class:: infomark
115
116This tool allows you to plot values contained in columns of a dataset against each other and also allows you to have different series corresponding to the same or different datasets in one plot.
117
118-----
119
120.. class:: warningmark
121
122This tool throws an error if the columns selected for plotting are absent or are not numeric and also if the lengths of these columns differ.
123
124-----
125
126**Example**
127
128Input file::
129
130    1   68  4.1
131    2   71  4.6
132    3   62  3.8
133    4   75  4.4
134    5   58  3.2
135    6   60  3.1
136    7   67  3.8
137    8   68  4.1
138    9   71  4.3
139    10  69  3.7
140
141Create a two series XY plot on the above data:
142
143- Series 1: Red Dashed-Line plot between columns 1 and 2
144- Series 2: Blue Circular-Point plot between columns 3 and 2
145
146.. image:: ../static/images/xy_example.jpg
147</help>
148</tool>
Note: リポジトリブラウザについてのヘルプは TracBrowser を参照してください。