root/galaxy-central/tools/regVariation/getIndels_2way.xml

リビジョン 2, 1.4 KB (コミッタ: hatakeyama, 14 年 前)

import galaxy-central

行番号 
1<tool id="getIndels_2way" name="Fetch Indels">
2  <description> from pairwise alignments</description>
3  <command interpreter="python">
4        getIndels.py $input1 $out_file1
5  </command>
6  <inputs>
7    <page>
8        <param format="maf" name="input1" type="data" label="Select data"/>
9    </page>
10  </inputs>
11  <outputs>
12    <data format="tabular" name="out_file1" metadata_source="input1"/>
13  </outputs>
14  <requirements>
15    <requirement type="python-module">numpy</requirement>
16  </requirements>
17  <tests>
18    <test>
19      <param name="input1" value="6.maf"/>
20      <output name="out_file1" file="6_indels.tabular"/>
21    </test>
22  </tests>
23 <help>
24
25.. class:: infomark
26
27**What it does**
28
29This tool estimates the number of indels for every alignment block of the MAF file.
30
31-----
32
33.. class:: warningmark
34
35**Note**
36
37Any block/s not containing exactly 2 species will be omitted.
38
39-----
40
41**Example**
42
43- For the following alignment block::
44
45   a score=7233.0
46   s hg18.chr1     100 35 + 247249719 AT--GACTGAGGACTTAGTTTAAGATGTTCCTACT
47   s rheMac2.chr11 200 31 + 134511895 ATAAG-CGGACGACTTAGTTTAAGATGTTCC----
48
49- running this tool will return::
50
51   #Block   Source            Seq1_Start        Seq1_End  Seq2_Start    Seq2_End        Indel_length
52   1       hg18.chr1            101              102         202             204              2
53   1       rheMac2.chr11        103              104         204             205              1
54   1       rheMac2.chr11        129              133         229             230              4
55   
56</help> 
57
58
59</tool>
Note: リポジトリブラウザについてのヘルプは TracBrowser を参照してください。