root/galaxy-central/tools/sr_mapping/fastq_statistics.xml

リビジョン 2, 4.8 KB (コミッタ: hatakeyama, 14 年 前)

import galaxy-central
  • 属性 svn:executable の設定値 *
行番号 
1<tool id="cshl_fastq_statistics" name="FASTQ Statistics">
2  <description>for Solexa file</description>
3  <command>cat $input | solexa_quality_statistics -o $output</command>
4  <inputs>
5    <param format="fastqsolexa" name="input" type="data" label="Library to analyze" />
6  </inputs>
7  <outputs>
8    <data format="txt" name="output" />
9  </outputs>
10  <help>
11
12**What it does**
13
14Creates quality statistics report for the given Solexa/FASTQ library.
15
16-----
17
18**The output file will contain the following fields:**
19
20* column        = column number (1 to 36 for a 36-cycles read solexa file)
21* count   = number of bases found in this column.
22* min     = Lowest quality score value found in this column.
23* max     = Highest quality score value found in this column.
24* sum     = Sum of quality score values for this column.
25* mean    = Mean quality score value for this column.
26* Q1    = 1st quartile quality score.
27* med   = Median quality score.
28* Q3    = 3rd quartile quality score.
29* IQR   = Inter-Quartile range (Q3-Q1).
30* lW    = 'Left-Whisker' value (for boxplotting).
31* rW    = 'Right-Whisker' value (for boxplotting).
32* A_Count       = Count of 'A' nucleotides found in this column.
33* C_Count       = Count of 'C' nucleotides found in this column.
34* G_Count       = Count of 'G' nucleotides found in this column.
35* T_Count       = Count of 'T' nucleotides found in this column.
36* N_Count = Count of 'N' nucleotides found in this column. 
37
38
39.. class:: infomark
40
41**TIP:** This statistics report can be used as input for **Quality Score** and **Nucleotides Distribution** tools.
42
43
44
45
46
47**Output Example**::
48
49    column      count   min     max     sum     mean    Q1      med     Q3      IQR     lW      rW      A_Count C_Count G_Count T_Count N_Count
50    1   6362991 -4      40      250734117       39.41   40      40      40      0       40      40      1396976 1329101 678730  2958184 0
51    2   6362991 -5      40      250531036       39.37   40      40      40      0       40      40      1786786 1055766 1738025 1782414 0
52    3   6362991 -5      40      248722469       39.09   40      40      40      0       40      40      2296384 984875  1443989 1637743 0
53    4   6362991 -5      40      247654797       38.92   40      40      40      0       40      40      1683197 1410855 1722633 1546306 0
54    5   6362991 -4      40      248214827       39.01   40      40      40      0       40      40      2536861 1167423 1248968 1409739 0
55    6   6362991 -5      40      248499903       39.05   40      40      40      0       40      40      1598956 1236081 1568608 1959346 0
56    7   6362991 -4      40      247719760       38.93   40      40      40      0       40      40      1692667 1822140 1496741 1351443 0
57    8   6362991 -5      40      245745205       38.62   40      40      40      0       40      40      2230936 1343260 1529928 1258867 0
58    9   6362991 -5      40      245766735       38.62   40      40      40      0       40      40      1702064 1306257 1336511 2018159 0
59    10  6362991 -5      40      245089706       38.52   40      40      40      0       40      40      1519917 1446370 1450995 1945709 0
60    11  6362991 -5      40      242641359       38.13   40      40      40      0       40      40      1717434 1282975 1387804 1974778 0
61    12  6362991 -5      40      242026113       38.04   40      40      40      0       40      40      1662872 1202041 1519721 1978357 0
62    13  6362991 -5      40      238704245       37.51   40      40      40      0       40      40      1549965 1271411 1973291 1566681 1643
63    14  6362991 -5      40      235622401       37.03   40      40      40      0       40      40      2101301 1141451 1603990 1515774 475
64    15  6362991 -5      40      230766669       36.27   40      40      40      0       40      40      2344003 1058571 1440466 1519865 86
65    16  6362991 -5      40      224466237       35.28   38      40      40      2       35      40      2203515 1026017 1474060 1651582 7817
66    17  6362991 -5      40      219990002       34.57   34      40      40      6       25      40      1522515 1125455 2159183 1555765 73
67    18  6362991 -5      40      214104778       33.65   30      40      40      10      15      40      1479795 2068113 1558400 1249337 7346
68    19  6362991 -5      40      212934712       33.46   30      40      40      10      15      40      1432749 1231352 1769799 1920093 8998
69    20  6362991 -5      40      212787944       33.44   29      40      40      11      13      40      1311657 1411663 2126316 1513282 73
70    21  6362991 -5      40      211369187       33.22   28      40      40      12      10      40      1887985 1846300 1300326 1318380 10000
71    22  6362991 -5      40      213371720       33.53   30      40      40      10      15      40      542299  3446249 516615  1848190 9638
72    23  6362991 -5      40      221975899       34.89   36      40      40      4       30      40      347679  1233267 926621  3855355 69
73    24  6362991 -5      40      194378421       30.55   21      40      40      19      -5      40      433560  674358  3262764 1992242 67
74    25  6362991 -5      40      199773985       31.40   23      40      40      17      -2      40      944760  325595  1322800 3769641 195
75    26  6362991 -5      40      179404759       28.20   17      34      40      23      -5      40      3457922 156013  1494664 1254293 99
76    27  6362991 -5      40      163386668       25.68   13      28      40      27      -5      40      1392177 281250  3867895 821491  178
77    28  6362991 -5      40      156230534       24.55   12      25      40      28      -5      40      907189  981249  4174945 299437  171
78    29  6362991 -5      40      163236046       25.65   13      28      40      27      -5      40      1097171 3418678 1567013 280008  121
79    30  6362991 -5      40      151309826       23.78   12      23      40      28      -5      40      3514775 2036194 566277  245613  132
80    31  6362991 -5      40      141392520       22.22   10      21      40      30      -5      40      1569000 4571357 124732  97721   181
81    32  6362991 -5      40      143436943       22.54   10      21      40      30      -5      40      1453607 4519441 38176   351107  660
82    33  6362991 -5      40      114269843       17.96   6       14      30      24      -5      40      3311001 2161254 155505  734297  934
83    34  6362991 -5      40      140638447       22.10   10      20      40      30      -5      40      1501615 1637357 18113   3205237 669
84    35  6362991 -5      40      138910532       21.83   10      20      40      30      -5      40      1532519 3495057 23229   1311834 352
85    36  6362991 -5      40      117158566       18.41   7       15      30      23      -5      40      4074444 1402980 63287   822035  245
86   
87
88</help>
89</tool>
Note: リポジトリブラウザについてのヘルプは TracBrowser を参照してください。