root/galaxy-central/tools/stats/wiggle_to_simple.xml

リビジョン 2, 2.6 KB (コミッタ: hatakeyama, 14 年 前)

import galaxy-central
行番号 
1<tool id="wiggle2simple1" name="Wiggle-to-Interval">
2  <description>converter</description>
3  <command interpreter="python">wiggle_to_simple.py $input $out_file1 </command>
4  <inputs>
5    <param format="wig" name="input" type="data" label="Convert"/>
6  </inputs>
7  <outputs>
8    <data format="interval" name="out_file1" />
9  </outputs>
10  <tests>
11    <test>
12      <param name="input" value="2.wig" />
13      <output name="out_file1" file="2.interval"/>
14    </test>
15  </tests>
16  <help>
17**Syntax**
18
19This tool converts wiggle data into interval type.
20
21- **Wiggle format**: The .wig format is line-oriented. Wiggle data is preceded by a UCSC track definition line.  Following the track definition line is the track data, which can be entered in three different formats described below.
22
23  - **BED format** with no declaration line and four columns of data::
24
25      chromA  chromStartA  chromEndA  dataValueA
26      chromB  chromStartB  chromEndB  dataValueB
27
28  - **variableStep** two column data; started by a declaration line and followed with chromosome positions and data values::
29
30      variableStep  chrom=chrN  [span=windowSize]
31      chromStartA  dataValueA
32      chromStartB  dataValueB
33
34  - **fixedStep** single column data; started by a declaration line and followed with data values::
35
36      fixedStep  chrom=chrN  start=position  step=stepInterval  [span=windowSize]
37      dataValue1
38      dataValue2
39
40-----
41
42**Example**
43
44- input wiggle format file::
45
46    #track type=wiggle_0 name="Bed Format" description="BED format"
47    chr19 59302000 59302300 -1.0
48    chr19 59302300 59302600 -0.75
49    chr19 59302600 59302900 -0.50
50    chr19 59302900 59303200 -0.25
51    chr19 59303200 59303500 0.0
52    #track type=wiggle_0 name="variableStep" description="variableStep format"
53    variableStep chrom=chr19 span=150
54    59304701 10.0
55    59304901 12.5
56    59305401 15.0
57    59305601 17.5
58    #track type=wiggle_0 name="fixedStep" description="fixed step" visibility=full
59    fixedStep chrom=chr19 start=59307401 step=300 span=200
60    1000
61    900
62    800
63    700
64    600
65
66- convert the above file to interval file::
67
68    chr19       59302000        59302300        +       -1.0
69    chr19       59302300        59302600        +       -0.75
70    chr19       59302600        59302900        +       -0.5
71    chr19       59302900        59303200        +       -0.25
72    chr19       59303200        59303500        +       0.0
73    chr19       59304701        59304851        +       10.0
74    chr19       59304901        59305051        +       12.5
75    chr19       59305401        59305551        +       15.0
76    chr19       59305601        59305751        +       17.5
77    chr19       59307701        59307901        +       1000.0
78    chr19       59308001        59308201        +       900.0
79    chr19       59308301        59308501        +       800.0
80    chr19       59308601        59308801        +       700.0
81    chr19       59308901        59309101        +       600.0
82
83</help>
84</tool>
Note: リポジトリブラウザについてのヘルプは TracBrowser を参照してください。