root/galaxy-central/tools/unix_tools/remove_ending.xml

リビジョン 3, 1.3 KB (コミッタ: kohda, 14 年 前)

Install Unix tools  http://hannonlab.cshl.edu/galaxy_unix_tools/galaxy.html

行番号 
1<tool id="Remove ending" name="Remove ending">
2  <description>of a file</description>
3  <command interpreter="sh">remove_ending.sh $num_lines $input $out_file1</command>
4  <inputs>
5    <param name="num_lines" size="5" type="integer" value="1" label="Remove last" help="lines"/>
6    <param format="txt" name="input" type="data" label="from"/>
7  </inputs>
8  <tests>
9          <test>
10                  <param name="input" value="remove_ending_input1.txt" />
11                  <output name="out_file1" file="remove_ending_output1.txt" />
12                  <param name="num_lines" value="2" />
13          </test>
14  </tests>
15  <outputs>
16    <data format="input" name="out_file1" metadata_source="input"/>
17  </outputs>
18  <help>
19
20**What it does**
21
22This tool removes specified number of lines from the ending of a dataset
23
24-----
25
26**Example**
27
28Input File::
29
30    chr7  56632  56652   D17003_CTCF_R6  310  +
31    chr7  56736  56756   D17003_CTCF_R7  354  +
32    chr7  56761  56781   D17003_CTCF_R4  220  +
33    chr7  56772  56792   D17003_CTCF_R7  372  +
34    chr7  56775  56795   D17003_CTCF_R4  207  +
35
36After removing the last 2 lines the dataset will look like this::
37
38    chr7  56632  56652   D17003_CTCF_R6  310  +
39    chr7  56736  56756   D17003_CTCF_R7  354  +
40    chr7  56761  56781   D17003_CTCF_R4  220  +
41
42</help>
43</tool>
Note: リポジトリブラウザについてのヘルプは TracBrowser を参照してください。