root/galaxy-central/tools/unix_tools/word_list_grep.xml

リビジョン 3, 3.2 KB (コミッタ: kohda, 14 年 前)

Install Unix tools  http://hannonlab.cshl.edu/galaxy_unix_tools/galaxy.html

行番号 
1<tool id="cshl_word_list_grep" name="Select lines">
2<description>by word list</description>
3<command interpreter="perl">
4        word_list_grep.pl
5        #if $searchwhere.choice == "column":
6                -c $searchwhere.column
7        #end if
8        -o $output
9        $inverse
10        $caseinsensitive
11        $wholewords
12        $skip_first_line
13        $wordlist
14        $input
15</command>
16
17<inputs>
18        <param name="input" format="txt" type="data" label="input file" />
19        <param name="wordlist" format="txt" type="data" label="word list file" />
20
21
22        <param name="inverse" type="boolean" checked="false" truevalue="-v" falsevalue="" label="Inverse filter"
23                help="Report lines NOT matching the word list" />
24
25        <param name="caseinsensitive" type="boolean" checked="false" truevalue="-i" falsevalue="" label="Case-Insensitive search"
26                help="" />
27
28        <param name="wholewords" type="boolean" checked="false" truevalue="-w" falsevalue="" label="find whole-words"
29                help="ignore partial matches (e.g. 'apple' will not match 'snapple') " />
30
31        <param name="skip_first_line" type="boolean" checked="false" truevalue="-s" falsevalue="" label="Ignore first line"
32                help="Select this option if the first line contains column headers. First line will not be filtered. " />
33
34        <conditional name="searchwhere">
35                <param name="choice" type="select" label="Search words in">
36                        <option value="line" selected="true">entire line</option>
37                        <option value="column">specific column</option>
38                </param>
39
40                <when value="line">
41                </when>
42
43                <when value="column">
44                        <param name="column" label="in column" type="data_column" data_ref="input" accept_default="true" />
45                </when>
46        </conditional>
47
48</inputs>
49
50<outputs>
51        <data name="output" format="input" metadata_source="input" />
52</outputs>
53
54<help>
55**What it does**
56
57This tool selects lines that match words from a word list.
58
59--------
60
61**Example**
62
63Input file (UCSC's rmsk track from dm3)::
64
65    585 787     66      241     11      chrXHet 2860    3009    -201103 -       DNAREP1_DM      LINE    Penelope        0       594     435     1
66    585 1383    78      220     0       chrXHet 3012    3320    -200792 -       DNAREP1_DM      LINE    Penelope        -217    377     2       1
67    585 244     103     0       0       chrXHet 3737    3776    -200336 -       DNAREP1_DM      LINE    Penelope        -555    39      1       1
68    585 2270    83      144     0       chrXHet 7907    8426    -195686 +       DNAREP1_DM      LINE    Penelope        1       594     0       1
69    585 617     189     73      68      chrXHet 10466   10671   -193441 +       DNAREP1_DM      LINE    Penelope        368     573     -21     1
70    586 1122    71      185     0       chrXHet 173138  173322  -30790  -       PROTOP  DNA     P       -4033   447     230     1
71    ...
72    ...
73
74
75Word list file::
76
77  STALKER
78  PROTOP
79
80 
81
82Output sequence (searching in column 11)::
83
84    586 1122    71      185     0       chrXHet 173138  173322  -30790          -       PROTOP  DNA     P       -4033   447     230     1
85    586 228     162     0       0       chrXHet 181026  181063  -23049          +       STALKER4_I      LTR     Gypsy   9       45      -6485   1
86    585 245     105     26      0       chr3R   41609   41647   -27863406       +       PROTOP_B        DNA     P       507     545     -608    4
87    586 238     91      0       0       chr3R   140224  140257  -27764796       -       PROTOP_B        DNA     P       -617    536     504     4
88    ...
89    ...
90
91( With **find whole-words** not selected, *PROTOP* matched *PROTOP_B*, *STALKER* matched *STALKER4_I* )
92
93
94
95
96Output sequence (searching in column 11, and whole-words only)::
97
98    586 670     90      38      57      chrXHet 168356  168462  -35650  -       PROTOP  DNA     P       -459    4021    3918    1
99    586 413     139     70      0       chrXHet 168462  168548  -35564  -       PROTOP  DNA     P       -3406   1074    983     1
100    586 1122    71      185     0       chrXHet 173138  173322  -30790  -       PROTOP  DNA     P       -4033   447     230     1
101    ...
102    ...
103
104</help>
105
106</tool>
Note: リポジトリブラウザについてのヘルプは TracBrowser を参照してください。