チケット #220: orefil_top_jp.html

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行番号 
1<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
2<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml" xml:lang="utf-8" lang="utf-8">
3<head>
4  <title>OReFiL: an Online Resource Finder for Lifesciences</title>
5  <meta name="keywords" content="search,online resource,tool,database,lifescience,bioinformatics,biomedicine,webpage,webservice,MeSH,MEDLINE,PubMed,peer-reviewed paper" />
6  <meta name="description" content="Search for online resources introduced in peer-reviewed papers in lifescience" />
7  <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8" />
8  <script src="/javascripts/prototype.js?1221120375" type="text/javascript"></script>
9  <script type="text/javascript" src="/javascripts/jquery.js"></script>
10  <script type="text/javascript" src="/javascripts/jquery.highlight-1.js"></script>
11  <script type="text/javascript">//<![CDATA[
12  jQuery.noConflict();
13  //]]></script>
14  <link rel="stylesheet" type="text/css" href="/stylesheets/layout.css"/>
15  <link rel="search" type="application/opensearchdescription+xml" title="OReFiL" href="orefil.xml" />
16  <link href="http://orefil.dbcls.jp/search/new.atom" rel="alternate" title="ATOM" type="application/atom+xml" />
17<link href="http://orefil.dbcls.jp/search/new.rss" rel="alternate" title="RSS" type="application/rss+xml" />
18<style type="text/css">
19<!--
20.a {color: green}
21.b {border: thin dotted #888; font-size:18px}
22.e {background: #eee}
23.m {text-decoration: none; background: #eef; margin: .1ex .1em .1ex .1em}
24.n {background: #ddd}
25a.m:link {color: #00f}
26a.m:visited {color: #00f}
27a.m:hover {color: #770}
28a.m:active {color: #00f}
29.hlp {font-weight:bold;font-size:1.5em;background:#015;text-decoration:none}
30a.hlp:link {color: #77f}
31a.hlp:visited {color: #77f}
32a.hlp:hover {color: #77f}
33a.hlp:active {color: #77f}
34h1 {text-indent: .2em; border-color: black; border-width: 0 0 1px 4px; border-style: none none solid double}
35h2 {text-indent: .2em; border-color: black; margin: 0}
36h3 {padding: .2em .3em .2em .3em; margin: 0 0 .5em 0; color: white; background: #444}
37ul {margin-top: 0; margin-bottom: 3ex}
38li {margin-bottom: .7ex}
39body {font-family: Arial, sans-serif; margin: 1.5ex; padding: 0; line-height: 1.4; color: #333; font-size: 0.9em}
40html {overflow-y:scroll;}
41p {margin: .7ex .7em .7ex .7em}
42-->
43</style>
44
45</head>
46
47<body>
48  <div class="header">
49    <div class="sign">
50      <div class="middle">
51                <form action="/sessions/create" class="sign-form" method="get" name="sign-in-form">        DBCLS OpenID URL:
52        &nbsp;
53        <input class="openid-input" name="openid_url" size="30" maxlength="256" type="text" value=""/> 
54        <input class="sign-in-submit" type="submit" value="サインイン" />
55        <span>&nbsp;&nbsp;|&nbsp;&nbsp;</span>
56        <a href="https://openid.dbcls.jp/account/signup" class="sign-up">サインアップ</a>
57        </form>              </div>
58    </div>
59  </div>
60
61 
62  <div class="main">
63    <h1 class="top"><a href="/"><img alt="OreFil Logo" class="link_image" hspace="0" src="OReFiL_Logo.png" vspace="0" /></a> OReFiL: an Online Resource Finder for Lifesciences</h1>
64<div class="subtitle">
65  Search for online resources introduced in peer-reviewed papers in lifescience (Bioinformatics, Biomedicine, etc.)
66</div>
67<div class="top-search-form">
68   <form action="/search" method="get" name="QueryForm">
69   クエリ: <input id="query" maxlength="512" name="query" size="100" type="text" />
70   最大検索結果数:  <input id="count" maxlength="5" name="count" size="7" type="text" value="50" /> <br />
71   ソート順序 :
72   <input checked="checked" name="sort_by" value="relevance" type="radio" />関連度順&nbsp;
73   <input  name="sort_by" value="date" type="radio" />更新日順&nbsp;
74   <input  name="sort_by" value="rating" type="radio" />評価順&nbsp;
75   <br />
76   検索オプション :
77   <label><input checked="checked" id="hide_unfetched" name="hide_unfetched" type="checkbox" value="on" />存在しないと思しきリソースは隠す</label>
78   <label><input id="feedback" name="feedback" type="checkbox" value="on" />適合性フィードバックを適用する</label> <br />
79   <input type="submit" value="以上の条件で検索" />
80   <input type="reset"  name="reset" value="リセット" />
81   <input type="button"  value="クリア" onclick="document.QueryForm.query.value=''" /><br />
82   <a href="/help" class="hlp">&nbsp;ヘルプ&nbsp;</a> <br />
83   <span class="with-img">システムの不具合を発見された方はこちらまで: <img align="top" alt="yayamamo AT cb DOT k DOT u-tokyo DOT ac DOT jp" border="0" hspace="0" src="yycontact.png" vspace="0" /> <br /></span>
84   <span>よろしくお願いします。 </span>
85   </form>
86</div>
87<div class="tips">
88
89<h3><a id="sec_1">OReFiL とは?</a></h3>
90<p>
91OReFiL とは <i><b>O</b>nline <b>Re</b>source <b>Fi</b>nder for <b>L</b>ifesciences</i> の略で、ピアレビュー誌で発表される論文中に記述されるオンライン資源を検索するシステムです。
92通常の検索語に加え、MeSHタームや著者名で検索することが可能です。
93OReFiL は MEDLINE のタイトルとアブストラクト、及び、PubMed 検索可能な BMC ジャーナルのフルペーパーからオンライン資源の所在を示す URL を抽出し、MeSH タームと著者名と共に索引付けを行っています。
94</p>
95
96<h3><a id="sec_2">OReFiL を使う利点とは?</a></h3>
97<ol>
98<li>
99日々発表されるピアレビュー誌の情報が反映された、検索語に関連の深いオンライン資源を見つけられます。
100</li>
101<li>
102通常の検索語だけでなく、MeSH タームや著者名でも検索出来ます。
103</li>
104<li>
105検索結果として得られたオンライン資源の信頼性について、対応する PubMed エントリや、当該資源へのリンクを持つウェブページ、当該資源の URL を引用している論文を閲覧することで簡単に確認出来ます。
106</li>
107<li>
108各オンライン資源のウェブサイトの存否を簡単に確認出来ます。
109</li>
110</ol>
111
112
113  <h3>Tips</h3>
114  <ul>
115    <li>
116      <b>クエリはどんな検索語でも構いません。</b><br />
117      各検索語には次の修飾子を付けることで、その扱われ方を指定できます。
118      <ul>
119        <li><b>.tiab</b> 検索対象をタイトルとアブストラクトにする (<b>例</b> <span class="quote">apoptosis.tiab</span>：タイトルもしくはアブストラクトにapoptosisを含む),
120        <li><b>.auth</b> 検索対象を著者名をとする
121        <li><b>.mesh</b> / <b>.majr</b> / <b>.noexp</b> 検索対象をMeSHタームとする。
122      </ul>
123        例えば、ProteinsというMeSHタームが付けられている文書を検索したい時には、<span class="quote">Proteins.mesh</span>と表現します。<br />
124        .meshが付けられる場合はどんなMeSHヘッダーでも検索対象とします。<br />
125        .majrの場合は、メジャートピックとなっているMeSHタームを検索対象とします。
126        更にMeSHの概念階層を用いた自動クエリ拡張を行います。<br />
127        .noexpの場合は、自動クエリ拡張を行わない他は.majrと同じです。
128    <li>
129      <b>#1演算子を用いて複合語を表現できます。</b><br />
130      <span class="quote">#1(text mining)</span>という形式で用い、この場合は文字通り、text miningという表現が含まれている文書を検索します。
131    <li>
132      <b>#band演算子を用いて複数の検索語が与えられた場合の条件を指定できます。</b><br />
133      <span class="quote">#band(pathway apoptosis)</span>という形式で、pathwayおよびapoptosisという二語の双方を含む文書だけを検索できます。
134    <li>
135      <b>#filreq演算子を用いて検索対象の内容を考慮した検索条件を指定できます。</b><br />
136      <span class="quote">#filreq(Software.noexp #1(sequence analysis))</span>という形式で、MeSHターム、Softwareをもつ文書集合だけを対象とし、sequence analysisという表現が含まれるものを検索します。
137      更に、その検索結果の表示順序は、sequence analysisという表現の対象文書中における重要度に応じて決まります。
138    <li>
139      <b>句読点は無視されます。</b><br />
140        Databases, ProteinとDatabases Proteinは同一視されます。
141    <li>
142      <b>記号は無視されます。</b><br />
143        演算子の一部として用いられる場合を除き、アルファベットおよび数字以外の文字は無視されます。
144        従って、Variation (Genetics)とVariation Geneticsは同一視されます。
145    <li>
146      <b>OReFiLはLemur Toolkit (Indri)を利用しています。</b><br />
147      詳しいクエリの表現方法は<a href="http://www.lemurproject.org/lemur/IndriQueryLanguage.php">ここ</a>で知ることができます。
148    <li>
149      <b>OReFiLについての詳細を知ることができます。</b><br />
150      オープンアクセスの論文、
151    <a href="http://www.biomedcentral.com/1471-2105/8/287/abstract">BMC Bioinformatics 2007, 8:287</a>をご覧ください。<br/>
152    <a href="http://www.biomedcentral.com/1471-2105/8/287">
153      <img alt="www.biomedcentral.com" src="http://www.biomedcentral.com/images/articles/link.gif" border="0" />
154    </a>
155  <p>
156    <u>Last index update: Dec 16, 2008</u>
157  </p>
158</div>
159
160  </div>
161  <hr/>
162  <div class="footer">
163    <center>
164      ご意見・ご感想をお待ちしています。
165      このサイトに関するお問い合わせはこちらまで: yayamamo AT cb DOT k DOT u-tokyo DOT ac DOT jp
166      <p>
167        &copy; Copyright 2007-2008 University of Tokyo / DBCLS
168      </p>
169      <p>
170        Silk アイコンの提供: <a href="http://www.famfamfam.com/lab/icons/silk/">famfamfam.com</a>
171      </p>
172      <a href="/"><img align="bottom" alt="QR code" src="OReFiL_QR.png" /></a>
173      <a href="http://validator.w3.org/check?uri=referer"><img align="bottom" alt="Valid XHTML 1.0 Transitional" height="31" src="http://www.w3.org/Icons/valid-xhtml10-blue" width="88" /></a>
174    </center>
175  </div>
176<script type="text/javascript">//<![CDATA[
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179//]]></script>
180
181</body>
182</html>