チケット #298 (closed 仕様: fixed)

登録: 15 年 前

最終更新: 15 年 前

RDFフォーマット変換ツールの組込み

報告者: h-morita 担当者: common
優先度: 現マイルストーンで作業の停滞を招く マイルストーン: 平成21年度開発(11月-3月)
コンポーネント: Galaxy バージョン:
キーワード: 関係者:
GanttChart表示: OFF 依存TaskNo:
開始予定日: YYYY/MM/DD 終了予定日: YYYY/MM/DD

説明 (最終更新者: h-morita) (diff)

Semantic Web を利用したツールへ容易にデータを流すことを可能 とするために、Galaxy で頻繁に使われるフォーマット(FASTA, BED)をRDF に変換するツールを作成し、DBCLS Galaxy に組み込む。 仕様書 (1) - 2 に対応。

本開発のユースケースとしては、直接BEDからRDFへの変換をサポートするのではなく、Freebaseサービス(  http://www.freebase.com/ )を経由することで、手元のFASTA/BEDデータと関連したRDFを取得できるようにする。 また、取得したRDFデータを利用し、既存のTabularフォーマットのデータに値を追加できるようにする。

チケットの履歴

更新者: h-morita (15 年 前)

  • 説明 が変更されました (diff)

更新者: h-morita (15 年 前)

  • 説明 が変更されました (diff)

更新者: h-morita (15 年 前)

タイプ名を指定して、そのタイプのインスタンス一覧を取得するツールである、Instance Tableツールを　http://kiban.dbcls.jp/eiwa19pj/browser/galaxy/trunk/tools/freebase/instance_table.xml に実装。

更新者: h-morita (15 年 前)

Freebaseのクエリー言語であるMQLを指定して、その結果をRDFで返すMQL Queryツールを http://kiban.dbcls.jp/eiwa19pj/browser/galaxy/trunk/tools/freebase/mql_query.xml に実装。

更新者: h-morita (15 年 前)

取得したRDFデータを利用し、既存のTabularフォーマットのデータに値を追加するツールである、Add Columnツールを http://kiban.dbcls.jp/eiwa19pj/browser/galaxy/trunk/tools/freebase/add_column.xml に実装

更新者: h-morita (15 年 前)

  • ステータス が new から closed に変更されました。
  • 解決方法 が fixed に設定されました。

各ツールを実装後、確認していただきましたので closed とさせていただきます。

Note: チケットについてのヘルプは TracTickets を参照 して下さい。