チケット #394 (closed 仕様: fixed)
2012-12-07 開発会議
| 報告者: | so | 担当者: | so |
|---|---|---|---|
| 優先度: | 現マイルストーンで作業の停滞を招く | マイルストーン: | [H24] RDFgenome REST API開発 |
| コンポーネント: | Meeting | バージョン: | |
| キーワード: | 関係者: | ||
| GanttChart表示: | OFF | 依存TaskNo: | |
| 開始予定日: | YYYY/MM/DD | 終了予定日: | YYYY/MM/DD |
説明 ¶
2012年12月7日 DBCLS 4F 教室 13:00- - nsgc, ursm, ktym, kwsm, so
* スタンザREST APIのデザイン ** 現状認識の確認 - システム仕様確認 → 認識問題なし -ursm
- Stanzaの構造とデータ内容の確認 -ursm -- Stanza 2, 4はすぐ出来る. 5はUniProtのSPARQL Endpointからデータを取得してやってもよい -ktym
-- Stanzaのテーブル表現にどんなキーを使って、遺伝子のIDと他のDBとのリンクを出す
- 開発環境の確認 -- DDBJ: Webサービスの所内ポリシーが明確になっていない。現在開発中の大量登録システムが第一号 -ursm, so, ktym -- クラウド: heroku http://www.heroku.com/ --- ローカルのファイルをもてないという問題があるが、永和さんでは利用実績多し -ursm -- アプリケーションはとりあえずherouで開発する -ktym, ursm -- システムはRailsベースで開発する。多少大掛かりな気もするがNodo.jsだと足りない部分が多い。Railsから無関係の機能を削いで行く方向で。-ursm -- プロジェクト名、アカウント名が必要 -ursm --- versify, prosody -kwsm
- 必要なデータ、資料の確認 -- OK -nsgc
* Semantic検索の開発 - アプリケーションの完成イメージ -- 例）Ontogrator: http://www.ontogrator.org/ -- SPARQLthonでのディスカッション（ホワイトボードの写真撮り忘れた誰かください）
** システムに関するディスカッション - Ontogratorの動作、システムを眺める -- パフォーマンスを考えると直感的にRDFストアは厳しい -ursm --- インデックス専用DBが必要になる - GO, UniProt, 遺伝子のデータをどこから参照するのか - UniProtをGO ID/SPARQLで絞り込んでトリプルストアの検索速度のベンチマークする必要があるかもしれない -ktym -- Gene Ontology Annotation (UniProt-GOA)と遺伝子の対応表を作る必要あるかも？
- 今回のバージョンは、直接RDFストアを参照して検索速度は、追求せず動くものをつくる -- チューニングや技術的な改善は今後
- REST APIサーバとSem検索システムは同じシステムなのか？ -- Sem検索UIからはリンク等でREST APIサーバに誘導するが、開発時点では別アプリケーションとして考えさせてほしい -ursm
- 開発のプライオリティについて -- 年内は、REST API / Stanzaの開発を優先
* 次回打ち合わせ - 12/20 DBCLS 14:00-
* 次回までのタスク - [TODO] システム／プロジェクトの命名 -dbcls - [TODO] Stanza 2, 4, 5あたりのデータとSPARQL確認 -eiwa - [TODO] DBCLS (lod1)にSPARQL Endopointを立てて、作業に必要なGenome RDFデータを入れる（現状のデータで大丈夫？） -dbcls - [TODO] DBCLS tracにアカウントつくる -so - [DONE] Skypeグループつくる -so
RELIEUR（ユリユール）製本職人
Genome Web Report, Protein Web Report... Genome Web Parts, Protein Web Parts...（旧スタンザ）
Genome JSON INSCD ontology, FALDO, UniProt core, MEO, GMO, MCCV... Genome RDF
