root/BH13SPARQLBuilder/src/org/biohackathon/SPARQLBuilder/OWL/OWLClassGraph.java @ 10

リビジョン 8, 3.9 KB (コミッタ: atsuko, 11 年 前)

getPaths in OWLClassGraph updated

  • 属性 svn:mime-type の設定値 text/plain
行番号 
1/*
2 * To change this template, choose Tools | Templates
3 * and open the template in the editor.
4 */
5package org.biohackathon.SPARQLBuilder.OWL;
6
7/**
8 *
9 * @author atsuko
10 */
11import java.util.*;
12
13public class OWLClassGraph extends LabeledMultiDigraph{
14    String startClass;
15    String endClass;
16    int nsteps;
17    int limit;
18       
19    public class LinkAndPath{
20        ClassLink classLink;
21        List<ClassLink> path;
22        public LinkAndPath(ClassLink classLink, List<ClassLink> path){
23           this.classLink = classLink;
24           this.path = path;
25        }
26    }
27   
28    public OWLClassGraph(String startClass, String endClass){
29        super();
30        this.startClass = startClass;
31        addNode(startClass);
32        this.endClass = endClass;
33        addNode(endClass);
34        nsteps = 2;
35        limit = 1000;
36    }
37   
38    public void generateGraph(List<List<ClassLink>> paths){
39       
40    }
41   
42    public Path[] getPaths(OWLQueryBuilderImpl qb){
43        List<List<ClassLink>> paths = searchPathsFromOWL(qb);
44        //List<List<ClassLink>> paths = searchPathsFromInstances(qb);
45        Path[] patharray = new Path[paths.size()];
46        ListIterator<List<ClassLink>> pit = paths.listIterator();
47        int i = 0;
48        while ( pit.hasNext() ){
49            patharray[i] = new Path();
50            patharray[i].setStartClass(startClass);
51            List<ClassLink> path = pit.next();
52            patharray[i].setClassLinks(path);
53            ListIterator<ClassLink> cit = path.listIterator();
54            int min = Integer.MAX_VALUE;
55            while ( cit.hasNext() ){
56                ClassLink cl = cit.next();
57                if ( cl.getNumOfLinks() < min ){
58                    min = cl.getNumOfLinks();
59                }
60            }
61            patharray[i].setWidth(min);
62            i++;
63        }
64        return patharray;
65    }
66   
67    private List<List<ClassLink>> searchPathsFromOWL(OWLQueryBuilderImpl qb){
68        return searchPathsEngine(qb, 0);
69    }
70   
71    private List<List<ClassLink>> searchPathsFromInstances(OWLQueryBuilderImpl qb){
72        return searchPathsEngine(qb, 1);
73    }
74   
75    private List<List<ClassLink>> searchPathsEngine(OWLQueryBuilderImpl qb, int mode){
76        List<List<ClassLink>> paths = new ArrayList<List<ClassLink>>();
77        ClassLink crrLink = new ClassLink(null,startClass,Direction.both,0);
78        List<LinkAndPath> lp = new LinkedList<LinkAndPath>();
79        lp.add(new LinkAndPath(crrLink, new LinkedList<ClassLink>()));
80        try{
81          for ( int i = 0; i < nsteps; i++ ){
82              ListIterator<LinkAndPath> lit = lp.listIterator();
83              List<LinkAndPath> nextlp = new LinkedList<LinkAndPath>();
84              while ( lit.hasNext() ){
85                  LinkAndPath crrlp = lit.next();
86                  if ( crrlp.classLink.getLinkedClassURI().equals(endClass) ){ continue; }
87                  ClassLink[] classLinks = null;
88                  // Mode
89                  if ( mode == 0 ){
90                      classLinks = qb.getNextClass(null, crrlp.classLink.getLinkedClassURI(), limit);
91                  }else if ( mode == 1 ){
92                      classLinks = qb.getNextClassViaInstanceLink(null, crrlp.classLink.getLinkedClassURI(), limit);                     
93                  }else{ System.err.println("Mode is not correct."); }
94                  for ( int j = 0 ; j < classLinks.length; j++ ){
95                      List<ClassLink> crrpath = new LinkedList<ClassLink>(crrlp.path);
96                      crrpath.add(classLinks[j]);
97                      if ( classLinks[j].getLinkedClassURI().equals(endClass) ){
98                          paths.add(new LinkedList<ClassLink>(crrpath));
99                      }
100                      nextlp.add(new LinkAndPath(classLinks[j],crrpath));
101                  }
102              }
103              lp = nextlp;
104          }
105        }catch(Exception e){ System.err.println(e);}
106        return paths;       
107    }
108}
Note: リポジトリブラウザについてのヘルプは TracBrowser を参照してください。