root/BH13SPARQLBuilder/src/org/biohackathon/SPARQLBuilder/OWL/OWLClassGraph.java @ 19

リビジョン 15, 4.1 KB (コミッタ: atsuko, 11 年 前)

getPaths の引数変更 第二引数が0: クラス間探索, 1: インスタンス利用探索

  • 属性 svn:mime-type の設定値 text/plain
行番号 
1/*
2 * To change this template, choose Tools | Templates
3 * and open the template in the editor.
4 */
5package org.biohackathon.SPARQLBuilder.OWL;
6
7/**
8 *
9 * @author atsuko
10 */
11import java.util.*;
12
13public class OWLClassGraph extends LabeledMultiDigraph{
14    String startClass;
15    String endClass;
16    int nsteps;
17    int limit;
18       
19    public class LinkAndPath{
20        ClassLink classLink;
21        List<ClassLink> path;
22        public LinkAndPath(ClassLink classLink, List<ClassLink> path){
23           this.classLink = classLink;
24           this.path = path;
25        }
26    }
27   
28    public OWLClassGraph(String startClass, String endClass){
29        super();
30        this.startClass = startClass;
31        addNode(startClass);
32        this.endClass = endClass;
33        addNode(endClass);
34        nsteps = 2;
35        limit = 1000;
36    }
37   
38    public void generateGraph(List<List<ClassLink>> paths){
39        ListIterator<List<ClassLink>> pit = paths.listIterator();
40        while( pit.hasNext() ){
41            // KOKO
42        }
43    }
44   
45    public Path[] getPaths(OWLQueryBuilderImpl qb, int mode){
46        List<List<ClassLink>> paths = searchPaths(qb, mode);
47        Path[] patharray = new Path[paths.size()];
48        ListIterator<List<ClassLink>> pit = paths.listIterator();
49        int i = 0;
50        while ( pit.hasNext() ){
51            patharray[i] = new Path();
52            patharray[i].setStartClass(startClass);
53            List<ClassLink> path = pit.next();
54            patharray[i].setClassLinks(path);
55            ListIterator<ClassLink> cit = path.listIterator();
56            int min = Integer.MAX_VALUE;
57            while ( cit.hasNext() ){
58                ClassLink cl = cit.next();
59                if ( cl.getNumOfLinks() < min ){
60                    min = cl.getNumOfLinks();
61                }
62            }
63            patharray[i].setWidth(min);
64            i++;
65        }
66        return patharray;
67    }
68   
69    /*
70    private List<List<ClassLink>> searchPathsFromOWL(OWLQueryBuilderImpl qb){
71        return searchPathsEngine(qb, 0);
72    }
73   
74    private List<List<ClassLink>> searchPathsFromInstances(OWLQueryBuilderImpl qb){
75        return searchPathsEngine(qb, 1);
76    }
77    */
78   
79    private List<List<ClassLink>> searchPaths(OWLQueryBuilderImpl qb, int mode){
80        List<List<ClassLink>> paths = new ArrayList<>();
81        ClassLink crrLink = new ClassLink(null,startClass,Direction.both,0);
82        List<LinkAndPath> lp = new LinkedList<>();
83        lp.add(new LinkAndPath(crrLink, new LinkedList<ClassLink>()));
84        try{
85          for ( int i = 0; i < nsteps; i++ ){
86              ListIterator<LinkAndPath> lit = lp.listIterator();
87              List<LinkAndPath> nextlp = new LinkedList<>();
88              while ( lit.hasNext() ){
89                  LinkAndPath crrlp = lit.next();
90                  if ( crrlp.classLink.getLinkedClassURI().equals(endClass) ){ continue; }
91                  ClassLink[] classLinks = null;
92                  // Mode
93                  if ( mode == 0 ){
94                      classLinks = qb.getNextClass(null, crrlp.classLink.getLinkedClassURI(), limit);
95                  }else if ( mode == 1 ){
96                      classLinks = qb.getNextClassViaInstanceLink(null, crrlp.classLink.getLinkedClassURI(), limit);                     
97                  }else{ System.err.println("Mode is not correct."); }
98                  for ( int j = 0 ; j < classLinks.length; j++ ){
99                      //List<ClassLink> crrpath = new LinkedList<ClassLink>(crrlp.path);
100                      List<ClassLink> crrpath = new LinkedList<>(crrlp.path);
101                      crrpath.add(classLinks[j]);
102                      if ( classLinks[j].getLinkedClassURI().equals(endClass) ){
103                          //paths.add(new LinkedList<ClassLink>(crrpath));
104                          paths.add(new LinkedList<>(crrpath));
105                      }
106                      nextlp.add(new LinkAndPath(classLinks[j],crrpath));
107                  }
108              }
109              lp = nextlp;
110          }
111        }catch(Exception e){
112            System.err.println(e);
113        }
114        return paths;       
115    }
116}
Note: リポジトリブラウザについてのヘルプは TracBrowser を参照してください。