root/BH13SPARQLBuilder/src/org/biohackathon/SPARQLBuilder/OWL/OWLClassGraph.java @ 27

リビジョン 21, 4.1 KB (コミッタ: atsuko, 11 年 前)

getNextClass の引数変更に伴う変更

  • 属性 svn:mime-type の設定値 text/plain
行番号 
1/*
2 * To change this template, choose Tools | Templates
3 * and open the template in the editor.
4 */
5package org.biohackathon.SPARQLBuilder.OWL;
6
7/**
8 *
9 * @author atsuko
10 */
11import java.util.*;
12
13public class OWLClassGraph extends LabeledMultiDigraph{
14    String startClass;
15    String endClass;
16    int nsteps;
17    int limit;
18       
19    public class LinkAndPath{
20        ClassLink classLink;
21        List<ClassLink> path;
22        public LinkAndPath(ClassLink classLink, List<ClassLink> path){
23           this.classLink = classLink;
24           this.path = path;
25        }
26    }
27   
28    public OWLClassGraph(String startClass, String endClass){
29        super();
30        this.startClass = startClass;
31        addNode(startClass);
32        this.endClass = endClass;
33        addNode(endClass);
34        nsteps = 2;
35        limit = 1000;
36    }
37   
38    public void generateGraph(List<List<ClassLink>> paths){
39        ListIterator<List<ClassLink>> pit = paths.listIterator();
40        while( pit.hasNext() ){
41            List<ClassLink> cls = pit.next();
42            String start = startClass;
43            ListIterator<ClassLink> cit = cls.listIterator();
44            while ( cit.hasNext() ){
45                // KOKO
46            }
47        }
48    }
49   
50    public Path[] getPaths(OWLQueryBuilderImpl qb, int mode){
51        List<List<ClassLink>> paths = searchPaths(qb, mode);
52        Path[] patharray = new Path[paths.size()];
53        ListIterator<List<ClassLink>> pit = paths.listIterator();
54        int i = 0;
55        while ( pit.hasNext() ){
56            patharray[i] = new Path();
57            patharray[i].setStartClass(startClass);
58            List<ClassLink> path = pit.next();
59            patharray[i].setClassLinks(path);
60            ListIterator<ClassLink> cit = path.listIterator();
61            int min = Integer.MAX_VALUE;
62            while ( cit.hasNext() ){
63                ClassLink cl = cit.next();
64                if ( cl.getNumOfLinks() < min ){
65                    min = cl.getNumOfLinks();
66                }
67            }
68            patharray[i].setWidth(min);
69            i++;
70        }
71        return patharray;
72    }
73   
74    /*
75    private List<List<ClassLink>> searchPathsFromOWL(OWLQueryBuilderImpl qb){
76        return searchPathsEngine(qb, 0);
77    }
78   
79    private List<List<ClassLink>> searchPathsFromInstances(OWLQueryBuilderImpl qb){
80        return searchPathsEngine(qb, 1);
81    }
82    */
83   
84    private List<List<ClassLink>> searchPaths(OWLQueryBuilderImpl qb, int mode){
85        List<List<ClassLink>> paths = new ArrayList<>();
86        ClassLink crrLink = new ClassLink(null,startClass,Direction.both,0);
87        List<LinkAndPath> lp = new LinkedList<>();
88        lp.add(new LinkAndPath(crrLink, new LinkedList<ClassLink>()));
89        try{
90          for ( int i = 0; i < nsteps; i++ ){
91              ListIterator<LinkAndPath> lit = lp.listIterator();
92              List<LinkAndPath> nextlp = new LinkedList<>();
93              while ( lit.hasNext() ){
94                  LinkAndPath crrlp = lit.next();
95                  if ( crrlp.classLink.getLinkedClassURI().equals(endClass) ){ continue; }
96                  ClassLink[] classLinks = null;
97                  // Mode
98                  if ( mode == 0 ){
99                      classLinks = qb.getNextClass(null, crrlp.classLink.getLinkedClassURI(), limit, false);
100                  }else if ( mode == 1 ){
101                      classLinks = qb.getNextClassViaInstanceLink(null, crrlp.classLink.getLinkedClassURI(), limit);                     
102                  }else{ System.err.println("Mode is not correct."); }
103                  for ( int j = 0 ; j < classLinks.length; j++ ){
104                      List<ClassLink> crrpath = new LinkedList<>(crrlp.path);
105                      crrpath.add(classLinks[j]);
106                      if ( classLinks[j].getLinkedClassURI().equals(endClass) ){
107                          paths.add(new LinkedList<>(crrpath));
108                      }
109                      nextlp.add(new LinkAndPath(classLinks[j],crrpath));
110                  }
111              }
112              lp = nextlp;
113          }
114        }catch(Exception e){
115            System.err.println(e);
116        }
117        return paths; 
118    }
119}
Note: リポジトリブラウザについてのヘルプは TracBrowser を参照してください。