root/BH13SPARQLBuilder/src/org/biohackathon/SPARQLBuilder/endpointMetadata/MetadataFile.java @ 176

リビジョン 176, 13.4 KB (コミッタ: nori, 10 年 前)

ヴァリデータ作業中
  • 属性 svn:mime-type の設定値 text/plain
行番号 
1package org.biohackathon.SPARQLBuilder.endpointMetadata;
2
3import java.io.File;
4import java.util.ArrayList;
5import java.util.Calendar;
6
7import jp.riken.accc.db.rdf.crawler.dataStructure.sparql.URICollection;
8
9import org.apache.jena.riot.RDFDataMgr;
10
11import com.hp.hpl.jena.rdf.model.Literal;
12import com.hp.hpl.jena.rdf.model.Model;
13import com.hp.hpl.jena.rdf.model.NodeIterator;
14import com.hp.hpl.jena.rdf.model.Property;
15import com.hp.hpl.jena.rdf.model.RDFNode;
16import com.hp.hpl.jena.rdf.model.ResIterator;
17import com.hp.hpl.jena.rdf.model.Resource;
18
19public class MetadataFile {
20
21        Model model = null;
22        String endpointURI = null;
23        Calendar startDateTime = null;
24        Calendar endDateTime = null;
25        long numTriples = 0;
26        long numClasses = 0;
27       
28       
29        public long getNumTriples(){
30                return numTriples;
31        }
32       
33        public long getNumClasses(){
34                return numClasses;
35        }
36       
37        public MetadataFile(File file) throws Exception{
38                readFile(file);
39        }
40
41        public String getEndpointURI(){
42                return endpointURI;
43        }
44
45        public Calendar getStartDateTime(){
46                return startDateTime;
47        }
48
49        public Calendar getEndDateTime(){
50                return endDateTime;
51        }
52       
53       
54        //TODO
55        public static boolean validate(File file) throws Exception{
56                Model tmpModel = RDFDataMgr.loadModel(file.getAbsolutePath());
57                String endpointURI = getEndpointURI(tmpModel);
58               
59                //TODO
60                return true;
61        }
62
63
64        public static Resource getDefaultDataset(Model model) throws Exception{
65                Property sd_default_dataset = model.getProperty(URICollection.PROPERTY_SD_DEFAULT_DATA_SET);
66                NodeIterator nit = model.listObjectsOfProperty(sd_default_dataset);
67                Resource defaultDataSet = null;
68                if( nit.hasNext() ){
69                        RDFNode node = nit.next();
70                        defaultDataSet = node.asResource();
71                }
72                return defaultDataSet;
73        }
74
75
76        public static long getTriples(Resource defaultDataset) throws Exception{
77                // numTriples
78                Model model = defaultDataset.getModel();
79                Property void_triples = model.getProperty(URICollection.PROPERTY_VOID_TRIPLES);
80                NodeIterator nit = model.listObjectsOfProperty(defaultDataset, void_triples);
81                long numTriples = 0;
82                if( nit.hasNext()){
83                        Literal numTriplesLit = nit.next().asLiteral();
84                        numTriples = numTriplesLit.getLong();
85                }
86                return numTriples;
87        }
88       
89       
90        public static long getProperties(Resource defaultDataset) throws Exception{
91                Model model = defaultDataset.getModel();
92                Property void_properties = model.getProperty(URICollection.PROPERTY_VOID_PROPERTIES);
93                NodeIterator nit = model.listObjectsOfProperty(defaultDataset, void_properties);
94                long numProperties = 0;
95                if( nit.hasNext()){
96                        Literal numPropertiesLit = nit.next().asLiteral();
97                        numProperties = numPropertiesLit.getLong();
98                }
99                return numProperties;
100        }
101       
102
103        public static long getClasses(Resource defaultDataset) throws Exception{
104                Model model = defaultDataset.getModel();
105                Property void_classes = model.getProperty(URICollection.PROPERTY_VOID_CLASSES);
106                NodeIterator nit = model.listObjectsOfProperty(defaultDataset, void_classes);
107                long numClasses = 0;
108                if( nit.hasNext()){
109                        Literal numClassesLit = nit.next().asLiteral();
110                        numClasses = numClassesLit.getLong();
111                }
112                return numClasses;
113        }
114
115       
116        public static long getDatatypes(Resource defaultDataset) throws Exception{
117                Model model = defaultDataset.getModel();
118                Property sbm_datatypes = model.getProperty(URICollection.PROPERTY_SB_DATATYPES);
119                NodeIterator nit = model.listObjectsOfProperty(defaultDataset, sbm_datatypes);
120                long numDatatypes = 0;
121                if( nit.hasNext()){
122                        Literal numDatatypesLit = nit.next().asLiteral();
123                        numDatatypes = numDatatypesLit.getLong();
124                }
125                return numDatatypes;
126        }
127
128       
129        public static long getEndpointCategory(Resource defaultDataset) throws Exception{
130                Model model = defaultDataset.getModel();
131                Property sbm_endpointCategory = model.getProperty(URICollection.PROPERTY_SB_ENDPOINT_CATEGORY);
132                NodeIterator nit = model.listObjectsOfProperty(defaultDataset, sbm_endpointCategory);
133                long endpointCategory = 0;
134                if( nit.hasNext()){
135                        Literal endpointCategoryLit = nit.next().asLiteral();
136                        endpointCategory = endpointCategoryLit.getLong();
137                }
138                return endpointCategory;
139        }
140
141        public static long getPropertyategory(Resource defaultDataset) throws Exception{
142                Model model = defaultDataset.getModel();
143                Property sbm_propertyCategory = model.getProperty(URICollection.PROPERTY_SB_PROPERTY_CATEGORY);
144                NodeIterator nit = model.listObjectsOfProperty(defaultDataset, sbm_propertyCategory);
145                long propertyCategory = 0;
146                if( nit.hasNext()){
147                        Literal propertyCategoryLit = nit.next().asLiteral();
148                        propertyCategory = propertyCategoryLit.getLong();
149                }
150                return propertyCategory;
151        }
152
153
154        public static long getClassCategory(Resource defaultDataset) throws Exception{
155                Model model = defaultDataset.getModel();
156                Property sbm_classCategory = model.getProperty(URICollection.PROPERTY_SB_CLASS_CATEGORY);
157                NodeIterator nit = model.listObjectsOfProperty(defaultDataset, sbm_classCategory);
158                long classCategory = 0;
159                if( nit.hasNext()){
160                        Literal classCategoryLit = nit.next().asLiteral();
161                        classCategory = classCategoryLit.getLong();
162                }
163                return classCategory;
164        }
165
166       
167        public static Resource[] getPropertyPartitions(Resource defaultDataset) throws Exception{
168                Model model = defaultDataset.getModel();
169                Property void_propertyPartition = model.getProperty(URICollection.PROPERTY_VOID_PROPERTY_PARTITION);
170                NodeIterator nit = model.listObjectsOfProperty(defaultDataset, void_propertyPartition);
171                ArrayList<Resource> propertyPartitions = new ArrayList<Resource>();
172                if( nit.hasNext()){
173                        Resource propertyPartition = nit.next().asResource();
174                        propertyPartitions.add(propertyPartition);
175                }
176                return propertyPartitions.toArray(new Resource[0]);
177        }
178
179        public static Resource[] getClassPartitions(Resource defaultDataset) throws Exception{
180                Model model = defaultDataset.getModel();
181                Property void_classPartition = model.getProperty(URICollection.PROPERTY_VOID_CLASS_PARTITION);
182                NodeIterator nit = model.listObjectsOfProperty(defaultDataset, void_classPartition);
183                ArrayList<Resource> classPartitions = new ArrayList<Resource>();
184                if( nit.hasNext()){
185                        Resource classPartition = nit.next().asResource();
186                        classPartitions.add(classPartition);
187                }
188                return classPartitions.toArray(new Resource[0]);
189        }
190       
191        public static Resource[] getNamedGraphs(Resource defaultDataset) throws Exception{
192                Model model = defaultDataset.getModel();
193                Property sd_namedGraph = model.getProperty(URICollection.PROPERTY_SD_NAMED_GRAPH);
194                NodeIterator nit = model.listObjectsOfProperty(defaultDataset, sd_namedGraph);
195                ArrayList<Resource> namedGraphs = new ArrayList<Resource>();
196                if( nit.hasNext()){
197                        Resource namedGraph = nit.next().asResource();
198                        namedGraphs.add(namedGraph);
199                }
200                return namedGraphs.toArray(new Resource[0]);
201        }
202       
203        public static String getName(Resource namedGraph) throws Exception{
204                Model model = namedGraph.getModel();
205                Property sd_name = model.getProperty(URICollection.PROPERTY_SD_NAME);
206                NodeIterator nit = model.listObjectsOfProperty(namedGraph, sd_name);
207                String name = null;
208                if( nit.hasNext()){
209                        Literal nameLit = nit.next().asLiteral();
210                        name = nameLit.getString();
211                }
212                return name;
213        }
214
215        public static Resource[] getPropertyCategorySubsets(Resource defaultDataset) throws Exception{
216                Model model = defaultDataset.getModel();
217                Property void_propertyCategorySubset = model.getProperty(URICollection.PROPERTY_SB_PROPERTY_CATEGORY_SUBSET);
218                NodeIterator nit = model.listObjectsOfProperty(defaultDataset, void_propertyCategorySubset);
219                ArrayList<Resource> propertyCategorySubsets = new ArrayList<Resource>();
220                if( nit.hasNext()){
221                        Resource propertyCategorySubset = nit.next().asResource();
222                        propertyCategorySubsets.add(propertyCategorySubset);
223                }
224                return propertyCategorySubsets.toArray(new Resource[0]);
225        }
226
227        public static Property[] getProperties(Model model) throws Exception{
228                Resource rdf_property = model.getResource(URICollection.CLASS_RDF_PROPERTY);
229                Property rdf_type = model.getProperty(URICollection.PROPERTY_RDF_TYPE);
230                ResIterator rit = model.listSubjectsWithProperty(rdf_type, rdf_property);
231                ArrayList<Resource> properties = new ArrayList<Resource>();
232                if( rit.hasNext()){
233                        String propertyURI  = rit.next().getURI();
234                        Property property = model.getProperty(propertyURI);
235                        properties.add(property);
236                }
237                return properties.toArray(new Property[0]);
238        }
239
240       
241        public static Resource[] getClasses(Model model) throws Exception{
242                Resource rdfs_class = model.getResource(URICollection.RESOURCE_RDFS_CLASS);
243                Property rdf_type = model.getProperty(URICollection.PROPERTY_RDF_TYPE);
244                ResIterator rit = model.listSubjectsWithProperty(rdf_type, rdfs_class);
245                ArrayList<Resource> classes = new ArrayList<Resource>();
246                if( rit.hasNext()){
247                        Resource classRes  = rit.next();
248                        classes.add(classRes);
249                }
250                return classes.toArray(new Resource[0]);
251        }
252
253        public static Resource[] getClassRelations(Resource propertyPartition) throws Exception{
254                //TODO
255                return null;
256        }
257       
258        public static String getEndpointURI(Model model) throws Exception{
259                Property sd_endpoint = model.getProperty(URICollection.PROPERTY_SD_ENDPOINT);
260                NodeIterator nit = model.listObjectsOfProperty(sd_endpoint);
261                Resource endPointRes = null;
262                String endpointURI = null;
263                if( nit.hasNext() ){
264                                RDFNode endPointNode = nit.next();
265                                endPointRes = endPointNode.asResource();
266                                endpointURI = endPointRes.getURI();
267                }
268                return endpointURI;
269        }
270
271       
272        private Resource getCrawlLogBlankNode(Resource defaultDataset) throws Exception {
273                Model model = defaultDataset.getModel();
274                // log
275                Property sbm_crawlLog = model.getProperty(URICollection.PROPERTY_SB_CRAWL_LOG);
276                NodeIterator nit = model.listObjectsOfProperty(sbm_crawlLog);
277                Resource crawlLogBlankNode = null;
278                if( nit.hasNext() ){
279                                RDFNode node = nit.next();
280                                crawlLogBlankNode = node.asResource();
281                }
282                return crawlLogBlankNode;
283        }
284
285        private Calendar getStartTime(Resource crawlLogBlankNode) throws Exception{
286                Model model = crawlLogBlankNode.getModel();
287                Property sbm_startTime = model.getProperty(URICollection.PROPERTY_SB_CRAWL_START_TIME);
288                NodeIterator nit = model.listObjectsOfProperty(sbm_startTime);
289                Calendar startCal = null;
290                if( nit.hasNext() ){
291                        Literal startTimeLit = null;
292                        RDFNode node = nit.next();
293                        startTimeLit = node.asLiteral();
294                        startCal = ((com.hp.hpl.jena.datatypes.xsd.XSDDateTime)(startTimeLit.getValue())).asCalendar();
295                }
296                return startCal;
297        }
298
299        private Calendar getEndTime(Resource crawlLogBlankNode) throws Exception{
300                Model model = crawlLogBlankNode.getModel();
301                Property sbm_endTime = model.getProperty(URICollection.PROPERTY_SB_CRAWL_END_TIME);
302                NodeIterator nit = model.listObjectsOfProperty(sbm_endTime);
303                Calendar endCal = null;
304                if( nit.hasNext() ){
305                        Literal endTimeLit = null;
306                        RDFNode node = nit.next();
307                        endTimeLit = node.asLiteral();
308                        endCal = ((com.hp.hpl.jena.datatypes.xsd.XSDDateTime)(endTimeLit.getValue())).asCalendar();
309                }
310                return endCal;
311        }
312       
313       
314       
315       
316        private void readFile(File file) throws Exception{
317                model = RDFDataMgr.loadModel(file.getAbsolutePath());
318                Property sd_endpoint = model.getProperty(URICollection.PROPERTY_SD_ENDPOINT);
319                NodeIterator nit = model.listObjectsOfProperty(sd_endpoint);
320                Resource endPointRes = null;
321                endpointURI = null;
322                if( nit.hasNext() ){
323                                RDFNode endPointNode = nit.next();
324                                endPointRes = endPointNode.asResource();
325                                endpointURI = endPointRes.getURI();
326                }
327               
328                Property sd_default_dataset = model.getProperty(URICollection.PROPERTY_SD_DEFAULT_DATA_SET);
329                nit = model.listObjectsOfProperty(sd_default_dataset);
330                Resource defaultDataSet = null;
331                if( nit.hasNext() ){
332                        RDFNode node = nit.next();
333                        defaultDataSet = node.asResource();
334                }
335                // log
336                Property sbm_crawlLog = model.getProperty(URICollection.PROPERTY_SB_CRAWL_LOG);
337                nit = model.listObjectsOfProperty(sbm_crawlLog);
338                Resource crawlLogBlankNode = null;
339                if( nit.hasNext() ){
340                                RDFNode node = nit.next();
341                                crawlLogBlankNode = node.asResource();
342                }
343                // start
344                Property sbm_startTime = model.getProperty(URICollection.PROPERTY_SB_CRAWL_START_TIME);
345                nit = model.listObjectsOfProperty(sbm_startTime);
346                startDateTime = null;
347                if( nit.hasNext() ){
348                        Literal startTimeLit = null;
349                        RDFNode node = nit.next();
350                        startTimeLit = node.asLiteral();
351                        startDateTime = ((com.hp.hpl.jena.datatypes.xsd.XSDDateTime)(startTimeLit.getValue())).asCalendar();
352                }
353                // end
354                Property sbm_endTime = model.getProperty(URICollection.PROPERTY_SB_CRAWL_END_TIME);
355                nit = model.listObjectsOfProperty(sbm_endTime);
356                endDateTime = null;
357                if( nit.hasNext() ){
358                        Literal endTimeLit = null;
359                        RDFNode node = nit.next();
360                        endTimeLit = node.asLiteral();
361                        endDateTime = ((com.hp.hpl.jena.datatypes.xsd.XSDDateTime)(endTimeLit.getValue())).asCalendar();
362                }
363                // numTriples
364                Property void_triples = model.getProperty(URICollection.PROPERTY_VOID_TRIPLES);
365                nit = model.listObjectsOfProperty(defaultDataSet, void_triples);
366                if( nit.hasNext()){
367                        Literal numTriplesLit = nit.next().asLiteral();
368                        numTriples = numTriplesLit.getLong();
369                }
370                // numClasses
371                Property void_classes = model.getProperty(URICollection.PROPERTY_VOID_CLASSES);
372                nit = model.listObjectsOfProperty(defaultDataSet, void_classes);
373                if( nit.hasNext()){
374                        Literal numClassesLit = nit.next().asLiteral();
375                        numClasses = numClassesLit.getLong();
376                }
377        }
378
379}
Note: リポジトリブラウザについてのヘルプは TracBrowser を参照してください。