root/SPARQLBuilderWWW/src/java/org/biohackathon/SPARQLBuilder/OWL/EndpointAccess.java @ 267

リビジョン 257, 8.8 KB (コミッタ: atsuko, 9 年 前)

外部OWL読み込みに対応するよう変更
行番号 
1/*
2 * To change this license header, choose License Headers in Project Properties.
3 * To change this template file, choose Tools | Templates
4 * and open the template in the editor.
5 */
6
7package org.biohackathon.SPARQLBuilder.OWL;
8
9import com.hp.hpl.jena.query.*;
10import com.hp.hpl.jena.sparql.engine.http.QueryEngineHTTP;
11import java.util.*;
12
13/**
14 *
15 * @author atsuko
16 */
17
18/// Currently, this class is not used. Maybe it should be removed...
19
20public class EndpointAccess {
21    static public boolean checkPath(Path path, String sparqlEndpoint){
22        return checkPath(path.getStartClass(), path.getClassLinks(), sparqlEndpoint);
23    }
24   
25    static public boolean checkPath(String startClass, List<ClassLink> classlinks, String sparqlEndpoint){
26        // SPARQL Query construction
27        StringBuilder queryStr = new StringBuilder();
28        queryStr.append("PREFIX rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#>\n");
29        queryStr.append("PREFIX rdf: <http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#>\n");
30        queryStr.append("ASK { \n");
31       
32        ListIterator<ClassLink> cit = classlinks.listIterator();
33        queryStr.append("?r0").append(" rdf:type <").append(startClass).append("> .\n");
34        int i = 0;
35        while( cit.hasNext() ){
36            ClassLink link = cit.next();
37            //String next = link.getLinkedClassURI();
38            String sval = "?r".concat(Integer.toString(i));
39            String oval = "?r".concat(Integer.toString(i+1));
40            queryStr.append(oval).append(" rdf:type <").append(link.getLinkedClassURI()).append("> .\n");
41            if( link.getDirection() == Direction.forward ){
42                queryStr.append(sval).append(" <").append(link.getPropertyURI()).append("> ")
43                        .append(oval).append(" .\n");
44            }else{
45                queryStr.append(oval).append(" <").append(link.getPropertyURI()).append("> ")
46                        .append(sval).append(" .\n");               
47            }
48            i++;
49        }
50        queryStr.append("} \n");
51       
52        String sparqlQuery = queryStr.toString();
53        Query query = QueryFactory.create(sparqlQuery, Syntax.syntaxARQ);
54        QueryExecution qexec = QueryExecutionFactory.sparqlService(sparqlEndpoint, query);
55        boolean res = qexec.execAsk();
56        qexec.close();
57        return res;
58    }
59   
60    static public boolean checkSimplePath(List<Integer> nodes, OWLClassGraph ocg, String sparqlEndpoint){
61        // SPARQL Query construction
62        StringBuilder queryStr = new StringBuilder();
63        queryStr.append("PREFIX rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#>\n");
64        queryStr.append("PREFIX rdf: <http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#>\n");
65        queryStr.append("ASK { \n");
66       
67        ListIterator<Integer> cit = nodes.listIterator();
68        queryStr.append("?r0").append(" rdf:type <").append(ocg.labels.get(cit.next())).append("> .\n");
69        int i = 0;
70        while( cit.hasNext() ){
71            String cURI = ocg.labels.get(cit.next());
72            //String next = link.getLinkedClassURI();
73            String sval = "?r".concat(Integer.toString(i));
74            String pval = "?p".concat(Integer.toString(i));
75            String oval = "?r".concat(Integer.toString(i+1));
76            queryStr.append(oval).append(" rdf:type <").append(cURI).append("> .\n");
77            queryStr.append("{{");
78            queryStr.append(sval).append(" ").append(pval).append(" ")
79                        .append(oval).append(" }\n UNION\n {");
80            queryStr.append(oval).append(" ").append(pval).append(" ")
81                        .append(sval).append(" }}\n");
82            i++;
83        }
84        queryStr.append("} \n");
85       
86        String sparqlQuery = queryStr.toString();
87        System.out.println("Ask Simple");
88        System.out.println(sparqlQuery);
89        Query query = QueryFactory.create(sparqlQuery, Syntax.syntaxARQ);
90        /*
91        QueryEngineHTTP httpQuery = new QueryEngineHTTP(sparqlEndpoint, query);
92        boolean res = httpQuery.execAsk();
93        httpQuery.close();
94                */
95        QueryExecution qexec = QueryExecutionFactory.sparqlService(sparqlEndpoint, query);
96        boolean res = qexec.execAsk();
97        qexec.close();
98        return res;
99    }   
100
101    static public boolean check3SimplePath(Integer node1, Integer node2, Integer node3, OWLClassGraph ocg, String sparqlEndpoint){
102        // SPARQL Query construction
103        StringBuilder queryStr = new StringBuilder();
104        queryStr.append("PREFIX rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#>\n");
105        queryStr.append("PREFIX rdf: <http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#>\n");
106        queryStr.append("ASK { \n");
107       
108        queryStr.append("?n1縲€rdf:type ?c1 .\n");
109        queryStr.append("?n2縲€rdf:type ?c2 .\n");
110        queryStr.append("?n3縲€rdf:type ?c3 .\n");
111       
112        queryStr.append("{{");
113            queryStr.append("?n1").append(" ").append("?p1").append(" ")
114                        .append("?n2").append(" }\n UNION\n {");
115            queryStr.append("?n2").append(" ").append("?p1").append(" ")
116                        .append("?n1").append(" }}\n");
117
118        queryStr.append("{{");
119            queryStr.append("?n2").append(" ").append("?p2").append(" ")
120                        .append("?n3").append(" }\n UNION\n {");
121            queryStr.append("?n3").append(" ").append("?p2").append(" ")
122                        .append("?n2").append(" }}\n");           
123       
124        queryStr.append("VALUES (?c1 ?c2 ?c3){ \n");
125        queryStr.append("<").append(ocg.labels.get(node1)).append("> \n");
126        queryStr.append("<").append(ocg.labels.get(node2)).append("> \n");
127        queryStr.append("<").append(ocg.labels.get(node3)).append("> \n");
128        queryStr.append("} \n");
129        queryStr.append("} \n");
130       
131        String sparqlQuery = queryStr.toString();
132        System.out.println("Ask Simple3");
133        System.out.println(sparqlQuery);
134        Query query = QueryFactory.create(sparqlQuery, Syntax.syntaxARQ);
135        QueryExecution qexec = QueryExecutionFactory.sparqlService(sparqlEndpoint, query);
136        boolean res = qexec.execAsk();
137        qexec.close();
138        return res;
139    }
140   
141    static public boolean check3SimplePathwithJoin(Integer node1, Integer node2, Integer node3, OWLClassGraph ocg, String sparqlEndpoint){
142        StringBuilder queryStr = new StringBuilder();
143        queryStr.append("PREFIX rdf: <http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#>\n");
144        queryStr.append("SELECT DISTINCT ?n2 { \n");
145       
146        queryStr.append("?n1").append(" rdf:type <").append(ocg.labels.get(node1)).append("> .\n");
147        queryStr.append("?n2").append(" rdf:type <").append(ocg.labels.get(node2)).append("> .\n");
148       
149        queryStr.append("{{");
150            queryStr.append("?n1").append(" ").append("?p1").append(" ")
151                        .append("?n2").append(" }\n UNION\n {");
152            queryStr.append("?n2").append(" ").append("?p1").append(" ")
153                        .append("?n1").append(" }}\n");
154
155        queryStr.append("} \n");
156       
157        String sparqlQuery = queryStr.toString();
158        System.out.println("SELECT Simple3 by Join");
159        System.out.println(sparqlQuery);
160        Query query = QueryFactory.create(sparqlQuery, Syntax.syntaxARQ);
161        QueryExecution qexec = QueryExecutionFactory.sparqlService(sparqlEndpoint, query);
162        ResultSet res1 = qexec.execSelect();
163        qexec.close();
164       
165        queryStr = new StringBuilder();
166        queryStr.append("PREFIX rdf: <http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#>\n");
167        queryStr.append("SELECT DISTINCT ?n2 { \n");
168       
169        queryStr.append("?n2").append(" rdf:type <").append(ocg.labels.get(node2)).append("> .\n");
170        queryStr.append("?n3").append(" rdf:type <").append(ocg.labels.get(node3)).append("> .\n");
171       
172        queryStr.append("{{");
173            queryStr.append("?n2").append(" ").append("?p2").append(" ")
174                        .append("?n3").append(" }\n UNION\n {");
175            queryStr.append("?n3").append(" ").append("?p2").append(" ")
176                        .append("?n2").append(" }}\n");
177
178        queryStr.append("} \n");
179       
180        sparqlQuery = queryStr.toString();
181        System.out.println("SELECT Simple3 by Join 2");
182        System.out.println(sparqlQuery);
183        query = QueryFactory.create(sparqlQuery, Syntax.syntaxARQ);
184        qexec = QueryExecutionFactory.sparqlService(sparqlEndpoint, query);
185        ResultSet res2 = qexec.execSelect();
186        qexec.close();
187       
188        Set<String> res1hash = new HashSet<String>();
189        while(res1.hasNext()){
190            String resstr = res1.next().toString();
191            res1hash.add(resstr);
192        }
193        while(res2.hasNext()){
194            if ( res1hash.contains(res2.next().toString())){
195                return true;
196            }
197        }
198        return false;     
199    }
200}
Note: リポジトリブラウザについてのヘルプは TracBrowser を参照してください。