root/SPARQLBuilderWWW/src/java/org/biohackathon/SPARQLBuilder/OWL/QueryPathGenerator.java

リビジョン 291, 9.0 KB (コミッタ: atsuko, 8 年 前)

小修正

行番号 
1/*
2 * To change this license header, choose License Headers in Project Properties.
3 * To change this template file, choose Tools | Templates
4 * and open the template in the editor.
5 */
6
7package org.biohackathon.SPARQLBuilder.OWL;
8
9//import java.io.*;
10import java.util.*;
11
12/**
13 *
14 * @author atsuko
15 */
16
17public class QueryPathGenerator {
18    private String sparqlEndpoint = null;
19    private RDFSchemaAnalyzerFactory factory = null;
20    private RDFSchemaAnalyzer analyzer = null;
21    private OWLClassGraph graph;
22
23    private Map<String, String> clabels;
24    private Map<String, String> epurifile; // key: endpoint URI, value: filename
25   
26    private static final String CDIR = "cdata";
27    private static final String ODIR = "owldata";
28    //private static final String CGDIR = "cgraph";
29   
30    /*
31    public static void main(String[] args){
32        QueryPathGenerator qpg = new QueryPathGenerator();
33        //String[] elist = qpg.getFactory().getEndpointURIList();
34        List<String> elist = new LinkedList<String>();
35        File file0 = new File("eplist.txt");
36        try{
37            BufferedReader br = new BufferedReader(new FileReader(file0));
38            String buf = null;
39            while( (buf = br.readLine()) != null){
40                elist.add(buf);
41            }
42        }catch(IOException e){
43            System.err.println(e);
44        }
45       
46        ListIterator<String> eit = elist.listIterator();
47        int i = 0;
48        while(eit.hasNext()){
49            String ep = eit.next();
50            qpg.setSPARQLendpoint(ep);
51            qpg.graph = new OWLClassGraph(qpg.analyzer);
52            SClass[] classes = qpg.getClasses(null);
53            File file1 = new File("path".concat(Integer.toString(i)).concat(".txt"));
54            File file2 = new File("ptable".concat(Integer.toString(i)).concat(".txt"));
55            try{
56                BufferedWriter bw1 = new BufferedWriter(new FileWriter(file1));
57                BufferedWriter bw2 = new BufferedWriter(new FileWriter(file2));
58                String jsonstr = "[";
59                int m = 0;
60                for ( int j = 0 ; j < classes.length; j ++ ){
61                    SClass start = classes[j];
62                    for ( int k = j + 1 ; k < classes.length; k++ ){
63                        SClass end = classes[k];
64                        Path[] paths = qpg.getPaths(start.getClassURI(), end.getClassURI(), false);                       
65                        for( int l = 0; l < paths.length; l++ ){
66                            if ( paths[l] == null ){
67                                continue;
68                            }
69                            if (m > 0 ){
70                                jsonstr += ",";
71                            }
72                            double cost = paths[l].computeCost();                                                       
73                            bw2.write(Double.toString(cost));
74                            bw2.write(",");
75                            bw2.write(Boolean.toString(EndpointAccess.checkPath(paths[l], ep)));
76                            bw2.newLine();
77                            jsonstr += paths[i].toJSONString3(classes);
78                            m++;
79                        }
80                    }
81                }
82                jsonstr += "]";
83                bw1.write(jsonstr);
84                bw1.newLine();
85               
86                bw1.close();
87                bw2.close();
88            }catch(IOException e){
89                System.err.println(e);
90            }
91            i++;
92        }
93    }
94    */
95   
96    public QueryPathGenerator(){
97        factory = new RDFSchemaAnalyzerFactory(CDIR);
98    }
99
100    public QueryPathGenerator(String sparqlEndpoint){
101        factory = new RDFSchemaAnalyzerFactory(CDIR);
102        setSPARQLendpoint(sparqlEndpoint);
103    }
104   
105    public void setOWLClassGraph(String startClass){
106        graph = new OWLClassGraph(analyzer, sparqlEndpoint, startClass);
107    }
108   
109    public SClass[] getClasses(String keyword){
110        String[] keywords = null;
111        if ( keyword != null ){
112            if ( keyword.length() != 0 ){
113                keywords = new String[1];
114                keywords[0] = keyword;
115            }
116        }
117        try {
118            return analyzer.getOWLClasses(null, keywords, null, true);
119        }catch(Exception e){
120            System.err.println(e);
121            return null;
122        }
123    }
124   
125    public Path[] getPaths(String startClass, String endClass){
126        if (startClass == null || endClass == null){
127            return null;
128        }
129        if ( graph == null ){
130            setOWLClassGraph(startClass);
131        }
132        return graph.getPaths(startClass, endClass);
133    }
134   
135    public void setSPARQLendpoint(String sparqlEndpoint){
136        this.sparqlEndpoint = sparqlEndpoint;
137        setAnalyzer();
138    }
139   
140    public RDFSchemaAnalyzerFactory getFactory(){
141        return factory;
142    }
143
144    private void setAnalyzer(){
145        try {
146            analyzer = factory.create(sparqlEndpoint);
147        } catch (Exception e) {
148            System.err.println(e);
149        }
150    }
151   
152    public String getClassLabel(String classURI){
153        return clabels.get(classURI);
154    }
155   
156    public void setClassLabels(SClass[] classes){
157        clabels = new HashMap<String, String>();
158        Map<String, String> extLabels = getClassLabelsFromExternal();
159       
160        for ( int i = 0 ; i < classes.length; i++ ){
161            String classURI = classes[i].getClassURI();
162
163            Label[] labels = classes[i].getLabels();
164            String label = null;
165            for ( int j = 0 ; j < labels.length; j++ ){
166                if ( labels[j].getLanguage() == null ){
167                    label = labels[j].getLabel();
168                    break;
169                }else if ( labels[j].getLanguage().equals("en") || labels[j].getLanguage().equals("") ){
170                    label = labels[j].getLabel();
171                    break;
172                }
173            }
174            if ( label == null ){
175                label = extLabels.get(classURI);
176            }
177            if ( label == null ){
178                String[] uris = classURI.split("/");
179                String tmplabel = uris[uris.length-1];
180                String[] tmplabel2 = tmplabel.split("#");
181                label = tmplabel2[tmplabel2.length-1];
182            }
183            clabels.put(classURI, label);
184        }
185    }
186
187    public static String getClassLabelfromList(String classURI, SClass[] classes){
188        if ( classURI == null ){
189                    return "";
190        }
191        SClass sclass = null;
192        for ( int i = 0 ; i < classes.length; i++ ){
193            if ( classURI.equals(classes[i].getClassURI()) ){
194                return getClassLabelfromClass(classes[i]);
195            }
196        }
197        return "";
198    }
199   
200    public static String getClassLabelfromClass(SClass sclass){
201        Label[] labels = sclass.getLabels();
202        for ( int i = 0 ; i < labels.length; i++ ){
203            if ( labels[i].getLanguage() == null ){
204                return labels[i].getLabel();
205            }else if ( labels[i].getLanguage().equals("en") ){
206                return labels[i].getLabel();
207            }
208        }
209        String[] url = sclass.getClassURI().split("/");
210        String tmplabel = url[url.length-1];
211        String[] tmplabel2 = tmplabel.split("#");
212        String label = tmplabel2[tmplabel2.length-1];
213        return label;
214    }
215       
216    public Map<String, String> getClassLabelsFromExternal(){
217        return OWLLabelReader.readLabels(ODIR);
218    }
219   
220    public OWLClassGraph getOWLClassGraph(){
221        return graph;
222    }
223   
224    public SClass[] getReachableClasses(){
225        List<String> clURIs = graph.getReachableClasses();
226        SClass[] orgclasses = null;
227        try {
228            orgclasses = analyzer.getOWLClasses(null, null, null, true);
229        }catch( Exception e ){
230            System.err.println(e);
231            return null;
232        }
233        HashMap<String, SClass> orgmap = new HashMap<String, SClass>();
234        for (int i = 0; i < orgclasses.length; i++ ){
235            orgmap.put(orgclasses[i].getClassURI(), orgclasses[i]);
236        }
237       
238        SClass[] classes = new SClass[clURIs.size()];
239        int j = 0;
240        ListIterator<String> uit = clURIs.listIterator();
241        while(uit.hasNext()){
242            String u = uit.next();
243            SClass cl = orgmap.get(u);
244            classes[j] = cl;
245            j++;
246        }
247        return classes;
248    }
249   
250    public SortedSet<String> getSortedClasses(SClass[] classes){
251        setClassLabels(classes);
252        SortedSet<String> sortedClasses = new TreeSet<String>();
253        for (int i = 0 ; i < classes.length; i++ ){
254            String uri = classes[i].getClassURI();
255            String label = getClassLabel(uri);
256            StringBuilder classbuilder = new StringBuilder(label);
257            classbuilder.append("\t");
258            classbuilder.append(classes[i].getNumOfInstances());
259            classbuilder.append("\t");
260            classbuilder.append(uri);
261            sortedClasses.add(classbuilder.toString());
262        }
263
264        return sortedClasses;
265    }
266}
Note: リポジトリブラウザについてのヘルプは TracBrowser を参照してください。