root/SPARQLBuilderWWW/src/java/org/biohackathon/SPARQLBuilder/www/SPServlet.java @ 142

リビジョン 142, 9.2 KB (コミッタ: wu, 10 年 前)

The string version of creating SPARQL queries from paths
行番号 
1/*
2 * To change this license header, choose License Headers in Project Properties.
3 * To change this template file, choose Tools | Templates
4 * and open the template in the editor.
5 */
6
7package org.biohackathon.SPARQLBuilder.www;
8
9import java.io.IOException;
10import java.io.PrintWriter;
11import java.util.ArrayList;
12import java.util.Arrays;
13import java.util.Iterator;
14import java.util.List;
15import java.util.logging.Level;
16import java.util.logging.Logger;
17import javax.servlet.ServletException;
18import javax.servlet.annotation.WebServlet;
19import javax.servlet.http.HttpServlet;
20import javax.servlet.http.HttpServletRequest;
21import javax.servlet.http.HttpServletResponse;
22import org.biohackathon.SPARQLBuilder.OWL.*;
23import org.json.JSONArray;
24import org.json.JSONException;
25import org.json.JSONObject;
26
27//import javax.json.Json;
28
29/**
30 *
31 * @author atsuko
32 */
33@WebServlet(name = "SPServlet", urlPatterns = {"/sparql"})
34public class SPServlet extends HttpServlet {
35
36    /**
37     * Processes requests for both HTTP <code>GET</code> and <code>POST</code>
38     * methods.
39     *
40     * @param request servlet request
41     * @param response servlet response
42     * @throws ServletException if a servlet-specific error occurs
43     * @throws IOException if an I/O error occurs
44     */
45    protected void processRequest(HttpServletRequest request, HttpServletResponse response)
46            throws ServletException, IOException {
47        response.setContentType("text/html;charset=UTF-8");
48        try (PrintWriter out = response.getWriter()) {
49            /* TODO output your page here. You may use following sample code. */
50            out.println("<!DOCTYPE html>");
51            out.println("<html>");
52            out.println("<head>");
53            out.println("<title>Servlet SPServlet</title>");           
54            out.println("</head>");
55            out.println("<body>");
56            out.println("<h1>Servlet SPServlet at " + request.getContextPath() + "</h1>");
57            out.println("</body>");
58            out.println("</html>");
59        }
60    }
61
62    // <editor-fold defaultstate="collapsed" desc="HttpServlet methods. Click on the + sign on the left to edit the code.">
63    /**
64     * Handles the HTTP <code>GET</code> method.
65     *
66     * @param request servlet request
67     * @param response servlet response
68     * @throws ServletException if a servlet-specific error occurs
69     * @throws IOException if an I/O error occurs
70     */
71    @Override
72/*    protected void doGet(HttpServletRequest request, HttpServletResponse response)
73            throws ServletException, IOException {
74        processRequest(request, response);
75    }*/
76        protected void doGet(HttpServletRequest request, HttpServletResponse response)
77            throws ServletException, IOException {
78        //processRequest(request, response);
79        response.setContentType("application/json;charset=UTF-8");
80        PrintWriter out = response.getWriter();
81        String jpath = request.getParameter("jsonpath");
82       List<String> path = null;
83        try {
84            path = convertJ2Path(jpath);
85        } catch (JSONException ex) {
86            Logger.getLogger(SPServlet.class.getName()).log(Level.SEVERE, null, ex);
87        }
88        String query = null;
89        try {
90            query = convertPath2SPARQL(path);
91        } catch (Exception ex) {
92            Logger.getLogger(SPServlet.class.getName()).log(Level.SEVERE, null, ex);
93        }
94        out.print(query);
95    }
96
97   
98
99    /**
100     * Handles the HTTP <code>POST</code> method.
101     *
102     * @param request servlet request
103     * @param response servlet response
104     * @throws ServletException if a servlet-specific error occurs
105     * @throws IOException if an I/O error occurs
106     */
107    @Override
108    protected void doPost(HttpServletRequest request, HttpServletResponse response)
109            throws ServletException, IOException {
110        processRequest(request, response);
111    }
112
113    /**
114     * Returns a short description of the servlet.
115     *
116     * @return a String containing servlet description
117     */
118    @Override
119    public String getServletInfo() {
120        return "Short description";
121    }// </editor-fold>
122
123    private List<String> convertJ2Path(String jpath) throws JSONException{
124 
125       
126       JSONArray classLinks=new JSONArray(jpath);
127       
128       String string;
129       List <String> list = null;
130       for (int i=0;i<classLinks.length();i++)
131       {
132            string = classLinks.getJSONObject(i).toString();
133            if (string.contains(",")) {
134             list =Arrays.asList(string.split(","));
135             
136       } else
137          throw new IllegalArgumentException("path error");
138               
139         }
140           
141          return list;   
142       
143    /*  JSONObject object = new JSONObject(jpath);
144       String startClass = object.getJSONObject("startClassURI").toString();
145       int width = Integer.parseInt(object.getJSONObject("width").toString());
146       JSONArray classLinks = object.getJSONArray("classLinks");
147        JSONObject jsonObject;
148        List <ClassLink> list = null;
149       
150          for (int i=0;i<classLinks.length();i++)
151            {
152            jsonObject = classLinks.getJSONObject(i); 
153            String propertyURI = jsonObject.getJSONObject("propertyURI").toString();
154            String linkedClassURI = jsonObject.getJSONObject("linkedClassURI").toString();
155             String linkedLiteralDatatypeURI = jsonObject.getJSONObject("linkedLiteralDatatypeURI").toString();
156            int numOfLinks = Integer.parseInt(jsonObject.getJSONObject("numOfLinks").toString());
157            int numOfLinkedInstances = Integer.parseInt(jsonObject.getJSONObject("numOfLinkedInstances").toString());
158            int numOfOriginInstances = Integer.parseInt(jsonObject.getJSONObject("numOfOriginInstances").toString());
159            int numOfOriginClassInstances = Integer.parseInt(jsonObject.getJSONObject("numOfOriginInstances").toString());           
160            int numOfLinkedClassInstances = Integer.parseInt(jsonObject.getJSONObject("numOfLinkedClassInstances").toString());
161           
162            ClassLink classLink =new ClassLink(propertyURI, linkedClassURI, linkedLiteralDatatypeURI, null,
163                                 numOfLinks,  numOfOriginInstances,  numOfLinkedInstances,
164                                 numOfOriginClassInstances,  numOfLinkedClassInstances,
165                                false, false);
166           list.add(classLink);
167           }
168           Path path = new Path(startClass,  list,  width);
169          return path;
170       */
171     
172         
173    }
174 
175    private String convertPath2SPARQL(List<String> path) throws Exception{
176        if( path == null ){
177                        throw new Exception("Path is null.");
178                }
179       
180                             
181                //List<String> classLinks = path.getClassLinks();
182               
183                StringBuffer queryStr = new StringBuffer();
184                StringBuffer selStr = new StringBuffer();
185                StringBuffer whereStr = new StringBuffer();
186        //      if(num==0){
187                //      int num = classLinks.size();
188        //      }
189                       
190                queryStr.append("PREFIX rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#>\n");
191                queryStr.append("PREFIX rdf: <http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#>\n");
192                               
193                selStr.append("SELECT ");
194                whereStr.append("WHERE { \n");
195
196                String properties = null;
197                String objectClasses = null;
198                String subjectClasses = null;
199                Direction direction = null;
200                int i = 0;
201                int k = 0;
202               
203                String startClass = path.get(path.size()-1);
204                List<String> classLinks = null;
205         //      ArrayList<String> array= (String[])path.toArray();
206             
207            //    classLinks.add(path.get(i));
208               
209                int num =(path.size()-1)/2;
210               
211                 for(int j=path.size()-2;j>0;j=j-2)
212                {
213                //      properties = link.getPropertyURI();
214                //      objectClasses = link.getLinkedClassURI();
215                //      direction = link.getDirection();
216                   properties =  path.get(j);
217                   objectClasses = path.get(j-1);
218                   direction = Direction.forward;
219                       
220                        if (i==0)
221                    subjectClasses = startClass;
222                       
223                        selStr.append("?c").append(i).append(" ");
224                        selStr.append("?l").append(i).append(" ");
225                       
226                        if(i == classLinks.size())
227                                selStr.append("\n");
228                       
229                       
230                        whereStr.append("?c").append(i).
231                        append(" rdf:type ").
232                        append("<").
233                        append(subjectClasses).
234                        append(">").
235                        append(".\n");
236                       
237                        whereStr.append("OPTIONAL{\n?c"+i+" rdfs:label ?l"+i+".}\n");
238
239                                               
240                        if(direction == Direction.forward)
241                        {
242                        whereStr.append("?c").append(i).append(" ");
243                        whereStr.append("<").append(properties).append("> ");                   
244                        whereStr.append("?c").append(i+1).append(".\n");                       
245                        }
246                        else
247                        {
248                                whereStr.append("?c").append(i+1).append(" ");
249                                whereStr.append("<").append(properties).append("> ");
250                                whereStr.append("?c").append(i).append(".\n");
251                        }
252                       
253                        subjectClasses = objectClasses;
254                        i++;
255                        k++;
256                        if(k>=num){
257                                break;
258                        }
259                }
260               
261                selStr.append("?c").append(i).append(" \n");
262                selStr.append("?l").append(i).append(" \n");
263                whereStr.append("?c").append(i).append(" rdf:type ").
264                    append("<").
265                    append(subjectClasses).
266                    append(">").
267                        append(".\n");
268                whereStr.append("OPTIONAL{\n?c"+i+" rdfs:label ?l"+i+".}\n");
269       
270                                       
271                queryStr.append(selStr).append(whereStr);
272               
273                queryStr.append("}");
274                //OPTIONAL
275                queryStr.append("LIMIT 100\n");;
276               
277                //System.out.println(queryStr);
278                return queryStr.toString();
279       
280   
281    }
282}
Note: リポジトリブラウザについてのヘルプは TracBrowser を参照してください。