root/SPARQLBuilderWWW/src/java/org/biohackathon/SPARQLBuilder/www/SPServlet.java @ 197

リビジョン 193, 13.9 KB (コミッタ: wu, 10 年 前)

rewrite sparal more humanbeing friendly
行番号 
1/*
2 * To change this license header, choose License Headers in Project Properties.
3 * To change this template file, choose Tools | Templates
4 * and open the template in the editor.
5 */
6
7package org.biohackathon.SPARQLBuilder.www;
8
9import java.io.IOException;
10import java.io.PrintWriter;
11import java.util.ArrayList;
12import java.util.Arrays;
13import java.util.Iterator;
14import java.util.List;
15import java.util.logging.Level;
16import java.util.logging.Logger;
17import javax.servlet.ServletException;
18import javax.servlet.annotation.WebServlet;
19import javax.servlet.http.HttpServlet;
20import javax.servlet.http.HttpServletRequest;
21import javax.servlet.http.HttpServletResponse;
22import org.biohackathon.SPARQLBuilder.OWL.*;
23import org.json.JSONArray;
24import org.json.JSONException;
25import org.json.JSONObject;
26
27//import javax.json.Json;
28
29/**
30 *
31 * @author atsuko
32 */
33@WebServlet(name = "SPServlet", urlPatterns = {"/sparql"})
34public class SPServlet extends HttpServlet {
35
36    /**
37     * Processes requests for both HTTP <code>GET</code> and <code>POST</code>
38     * methods.
39     *
40     * @param request servlet request
41     * @param response servlet response
42     * @throws ServletException if a servlet-specific error occurs
43     * @throws IOException if an I/O error occurs
44     */
45    protected void processRequest(HttpServletRequest request, HttpServletResponse response)
46            throws ServletException, IOException {
47        response.setContentType("text/html;charset=UTF-8");
48        try (PrintWriter out = response.getWriter()) {
49            /* TODO output your page here. You may use following sample code. */
50            out.println("<!DOCTYPE html>");
51            out.println("<html>");
52            out.println("<head>");
53            out.println("<title>Servlet SPServlet</title>");           
54            out.println("</head>");
55            out.println("<body>");
56            out.println("<h1>Servlet SPServlet at " + request.getContextPath() + "</h1>");
57            out.println("</body>");
58            out.println("</html>");
59        }
60    }
61
62    // <editor-fold defaultstate="collapsed" desc="HttpServlet methods. Click on the + sign on the left to edit the code.">
63    /**
64     * Handles the HTTP <code>GET</code> method.
65     *
66     * @param request servlet request
67     * @param response servlet response
68     * @throws ServletException if a servlet-specific error occurs
69     * @throws IOException if an I/O error occurs
70     */
71    @Override
72/*    protected void doGet(HttpServletRequest request, HttpServletResponse response)
73            throws ServletException, IOException {
74        processRequest(request, response);
75    }*/
76        protected void doGet(HttpServletRequest request, HttpServletResponse response)
77            throws ServletException, IOException {
78        //processRequest(request, response);
79        response.setContentType("application/json;charset=UTF-8");
80        PrintWriter out = response.getWriter();
81        String jpath = request.getParameter("jsonpath");
82        Path path = null;
83        try {
84            path = convertJ2Path(jpath);
85        } catch (JSONException ex) {
86            Logger.getLogger(SPServlet.class.getName()).log(Level.SEVERE, null, ex);
87        }
88        String query = null;
89        try {
90           query = convertPath2SPARQL(path);
91        } catch (Exception ex) {
92            Logger.getLogger(SPServlet.class.getName()).log(Level.SEVERE, null, ex);
93        }
94        out.print(query);
95    }
96
97   
98
99    /**
100     * Handles the HTTP <code>POST</code> method.
101     *
102     * @param request servlet request
103     * @param response servlet response
104     * @throws ServletException if a servlet-specific error occurs
105     * @throws IOException if an I/O error occurs
106     */
107    @Override
108    protected void doPost(HttpServletRequest request, HttpServletResponse response)
109            throws ServletException, IOException {
110        processRequest(request, response);
111    }
112
113    /**
114     * Returns a short description of the servlet.
115     *
116     * @return a String containing servlet description
117     */
118    @Override
119    public String getServletInfo() {
120        return "Short description";
121    }// </editor-fold>
122
123    private Path convertJ2Path(String jpath) throws JSONException{
124 
125       JSONObject object = new JSONObject(jpath);
126   
127    //   int width = Integer.parseInt(object.getJSONObject("width").toString());
128       JSONArray classLinks = object.getJSONArray("classLinks");
129        JSONObject jsonObject;
130        List <ClassLink> list = new ArrayList<ClassLink>();
131       
132       for (int i=0;i<classLinks.length();i++)
133       {
134            jsonObject = classLinks.getJSONObject(i); 
135               
136             String direction=jsonObject.getString("direction");
137             Direction myDirection = null;
138             if (direction.equals(Direction.forward.toString()))
139                     myDirection=Direction.forward;
140             else if (direction.equals(Direction.reverse.toString()))
141                 myDirection=Direction.reverse;
142                 else if (direction.equals(Direction.both.toString()))                 
143                  myDirection=Direction.both;
144           
145                 
146            String linkedLiteralDatatypeURI=null;
147               linkedLiteralDatatypeURI = jsonObject.getString("linkedLiteralDatatypeURI");
148               String linkedClassURI = jsonObject.getString("linkedClassURI");
149                  String propertyURI = jsonObject.getString("propertyURI");
150             
151        //    int numOfLinks = Integer.parseInt(jsonObject.getJSONObject("numOfLinks").toString());
152        //    int numOfLinkedInstances = Integer.parseInt(jsonObject.getJSONObject("numOfLinkedInstances").toString());
153        //    int numOfOriginInstances = Integer.parseInt(jsonObject.getJSONObject("numOfOriginInstances").toString());
154        //    int numOfOriginClassInstances = Integer.parseInt(jsonObject.getJSONObject("numOfOriginInstances").toString());           
155        //    int numOfLinkedClassInstances = Integer.parseInt(jsonObject.getJSONObject("numOfLinkedClassInstances").toString());
156             
157        //    ClassLink classLink =new ClassLink(propertyURI, linkedClassURI, linkedLiteralDatatypeURI, null,
158        //                       numOfLinks,  numOfOriginInstances,  numOfLinkedInstances,
159        //                       numOfOriginClassInstances,  numOfLinkedClassInstances,
160        //                      false, false);
161             ClassLink classLink =new ClassLink(propertyURI, linkedClassURI, linkedLiteralDatatypeURI, myDirection,
162                                 0,  0,  0,
163                                 0,  0,
164                                false, false);
165            System.out.println(classLink.getDirection().toString()); 
166           list.add(classLink);
167    }
168           String startClass = object.getString("startClassURI");
169          Path path = new Path(startClass,  list,  0);
170         
171          return path;
172    }
173   
174    private String convertPath2SPARQL(Path path) throws Exception{
175       
176         ArrayList<String> classname =new ArrayList<String>() ;
177               
178        if( path == null ){
179                        throw new Exception("Path is null.");
180                }
181                String startClass = path.getStartClass();
182                List<ClassLink> classLinks = path.getClassLinks();
183       
184                StringBuffer queryStr = new StringBuffer();
185                StringBuffer selStr = new StringBuffer();
186                StringBuffer whereStr = new StringBuffer();
187        //      if(num==0){
188                        int num = classLinks.size();
189        //      }
190                       
191                queryStr.append("PREFIX rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#>\n");
192                queryStr.append("PREFIX rdf: <http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#>\n");
193                               
194                selStr.append("SELECT ");
195                whereStr.append("WHERE { \n");
196
197                String properties = null;
198                String objectClasses = null;
199                String subjectClasses = null;
200                Direction direction = null;
201                int i = 0;
202                int k = 0;
203                for (ClassLink link :classLinks )
204                {
205                        properties = link.getPropertyURI();
206                        objectClasses = link.getLinkedClassURI();
207                        direction = link.getDirection();
208                       
209                        if (i==0)
210                             subjectClasses = startClass;
211                       
212                        classname.add(subjectClasses);
213                        selStr.append("?c").append(i).append(" ");
214                        selStr.append("?l").append(i).append(" ");
215                       
216                        if(i == classLinks.size())
217                                selStr.append("\n");
218                       
219                       
220                        whereStr.append("?c").append(i).
221                        append(" rdf:type ").
222                        append("<").
223                        append(subjectClasses).
224                        append(">").
225                        append(".\n");
226                       
227                        whereStr.append("OPTIONAL{\n?c"+i+" rdfs:label ?l"+i+".}\n");
228
229                                               
230                        if(direction == Direction.forward)
231                        {
232                        whereStr.append("?c").append(i).append(" ");
233                        whereStr.append("<").append(properties).append("> ");                   
234                        whereStr.append("?c").append(i+1).append(".\n");                       
235                        }
236                        else
237                        {
238                                whereStr.append("?c").append(i+1).append(" ");
239                                whereStr.append("<").append(properties).append("> ");
240                                whereStr.append("?c").append(i).append(".\n");
241                        }
242                       
243                        subjectClasses = objectClasses;
244                        i++;
245                        k++;
246                        if(k>=num){
247                                break;
248                        }
249                }
250               
251                selStr.append("?c").append(i).append(" \n");
252                selStr.append("?l").append(i).append(" \n");
253                whereStr.append("?c").append(i).append(" rdf:type ").
254                    append("<").
255                    append(subjectClasses).
256                    append(">").
257                        append(".\n");
258                whereStr.append("OPTIONAL{\n?c"+i+" rdfs:label ?l"+i+".}\n");
259                classname.add(subjectClasses);
260       
261                                       
262                queryStr.append(selStr).append(whereStr);
263               
264                queryStr.append("}");
265                //OPTIONAL
266                queryStr.append("LIMIT 100\n");
267               
268               System.out.println(queryStr);
269               
270              //rewrite Sparql               
271                         
272      ArrayList<String> classname2 = new ArrayList<String>();
273               for(int index=0;index<classname.size();index++){
274                 String  tmp=classname.get(index);
275               
276                 int mark;
277                 if((mark=tmp.indexOf("#"))!=-1)
278                     classname2.add(tmp.substring(mark+1));
279                  else classname2.add(tmp.substring(tmp.indexOf("/")+1));
280                   
281               }
282               String query=queryStr.toString();
283                for(int index=0;index<classname2.size();index++){
284                  String  original="c"+index;
285                 query= query.replaceAll(original, classname2.get(index));
286                }
287                query= query.replaceAll("\\?l","\\?label");
288                System.out.println(query); 
289                return query;
290       
291   
292    }
293    private static String rewriteSparql(String query){
294        StringBuffer tmp=new StringBuffer(query);
295       int index= tmp.indexOf("WHERE");
296       int begin=0,cnt=0;
297       while(begin<index)
298       {           
299          begin= tmp.indexOf("?c", begin);
300          cnt++;       
301     
302       }
303        return null;
304    }
305        private static List<String> convertJ2Path2(String jpath) throws JSONException{
306         List <String> list = null;
307           String temp =(String) jpath.subSequence(2, jpath.length()-2);
308      //  if (temp.contains(",""))
309             list =Arrays.asList(temp.split("\",\""));
310             return list;
311 
312     /*  JSONArray classLinks=new JSONArray(jpath);
313       String string;
314       
315       for (int i=0;i<classLinks.length();i++)
316       {
317            string = classLinks.getJSONObject(i).toString();
318            if (string.contains(",")) {
319             list =Arrays.asList(string.split(","));
320             
321       } else
322          throw new IllegalArgumentException("path error");
323               
324         }*/
325       
326       //   return list;   
327    }
328   
329    private static String convertPath2SPARQL2(List<String> path) throws Exception{
330        if( path == null ){
331                        throw new Exception("Path is null.");
332                }
333       
334                             
335                //List<String> classLinks = path.getClassLinks();
336               
337                StringBuffer queryStr = new StringBuffer();
338                StringBuffer selStr = new StringBuffer();
339                StringBuffer whereStr = new StringBuffer();
340        //      if(num==0){
341                //      int num = classLinks.size();
342        //      }
343                       
344                queryStr.append("PREFIX rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#>\n");
345                queryStr.append("PREFIX rdf: <http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#>\n");
346                               
347                selStr.append("SELECT ");
348                whereStr.append("WHERE { \n");
349
350                String properties = null;
351                String objectClasses = null;
352                String subjectClasses = null;
353                Direction direction = null;
354                int i = 0;
355                int k = 0;
356               
357                String startClass = path.get(path.size()-1);
358                List<String> classLinks = null;
359         //      ArrayList<String> array= (String[])path.toArray();
360             
361            //    classLinks.add(path.get(i));
362               
363                int num =(path.size()-1)/2;
364               
365                 for(int j=path.size()-2;j>0;j=j-2)
366                {
367                //      properties = link.getPropertyURI();
368                //      objectClasses = link.getLinkedClassURI();
369                //      direction = link.getDirection();
370                   properties =  path.get(j);
371                   objectClasses = path.get(j-1);
372                   direction = Direction.forward;
373                       
374                        if (i==0)
375                    subjectClasses = startClass;
376                       
377                        selStr.append("?c").append(i).append(" ");
378                        selStr.append("?l").append(i).append(" ");
379                       
380                //      if(i == path.size())
381                //              selStr.append("\n");
382                       
383                       
384                        whereStr.append("?c").append(i).
385                        append(" rdf:type ").
386                        append("<").
387                        append(subjectClasses).
388                        append(">").
389                        append(".\n");
390                       
391                        whereStr.append("OPTIONAL{\n?c"+i+" rdfs:label ?l"+i+".}\n");
392
393                                               
394                        if(direction == Direction.forward)
395                        {
396                        whereStr.append("?c").append(i).append(" ");
397                        whereStr.append("<").append(properties).append("> ");                   
398                        whereStr.append("?c").append(i+1).append(".\n");                       
399                        }
400                        else
401                        {
402                                whereStr.append("?c").append(i+1).append(" ");
403                                whereStr.append("<").append(properties).append("> ");
404                                whereStr.append("?c").append(i).append(".\n");
405                        }
406                       
407                        subjectClasses = objectClasses;
408                        i++;
409                        k++;
410                        if(k>=num){
411                                break;
412                        }
413                }
414               
415                selStr.append("?c").append(i).append(" \n");
416                selStr.append("?l").append(i).append(" \n");
417                whereStr.append("?c").append(i).append(" rdf:type ").
418                    append("<").
419                    append(subjectClasses).
420                    append(">").
421                        append(".\n");
422                whereStr.append("OPTIONAL{\n?c"+i+" rdfs:label ?l"+i+".}\n");
423       
424                                       
425                queryStr.append(selStr).append(whereStr);
426               
427                queryStr.append("}");
428                //OPTIONAL
429                queryStr.append("LIMIT 100\n");;
430               
431                System.out.println(queryStr);
432                return queryStr.toString();
433       
434   
435    }
436   
437}
Note: リポジトリブラウザについてのヘルプは TracBrowser を参照してください。