root/SPARQLBuilderWWW/src/java/org/biohackathon/SPARQLBuilder/www/SPServlet.java @ 205

リビジョン 204, 14.2 KB (コミッタ: atsuko, 11 年 前)

他サイトから利用することを想定してHTTPヘッダ追加
行番号 
1/*
2 * To change this license header, choose License Headers in Project Properties.
3 * To change this template file, choose Tools | Templates
4 * and open the template in the editor.
5 */
6
7package org.biohackathon.SPARQLBuilder.www;
8
9import java.io.IOException;
10import java.io.PrintWriter;
11import java.util.ArrayList;
12import java.util.Arrays;
13import java.util.Iterator;
14import java.util.List;
15import java.util.logging.Level;
16import java.util.logging.Logger;
17import javax.servlet.ServletException;
18import javax.servlet.annotation.WebServlet;
19import javax.servlet.http.HttpServlet;
20import javax.servlet.http.HttpServletRequest;
21import javax.servlet.http.HttpServletResponse;
22import org.biohackathon.SPARQLBuilder.OWL.*;
23import org.json.JSONArray;
24import org.json.JSONException;
25import org.json.JSONObject;
26
27//import javax.json.Json;
28
29/**
30 *
31 * @author atsuko
32 */
33@WebServlet(name = "SPServlet", urlPatterns = {"/sparql"})
34public class SPServlet extends HttpServlet {
35
36    /**
37     * Processes requests for both HTTP <code>GET</code> and <code>POST</code>
38     * methods.
39     *
40     * @param request servlet request
41     * @param response servlet response
42     * @throws ServletException if a servlet-specific error occurs
43     * @throws IOException if an I/O error occurs
44     */
45    protected void processRequest(HttpServletRequest request, HttpServletResponse response)
46            throws ServletException, IOException {
47        response.setContentType("text/html;charset=UTF-8");
48        try (PrintWriter out = response.getWriter()) {
49            /* TODO output your page here. You may use following sample code. */
50            out.println("<!DOCTYPE html>");
51            out.println("<html>");
52            out.println("<head>");
53            out.println("<title>Servlet SPServlet</title>");           
54            out.println("</head>");
55            out.println("<body>");
56            out.println("<h1>Servlet SPServlet at " + request.getContextPath() + "</h1>");
57            out.println("</body>");
58            out.println("</html>");
59        }
60    }
61
62    // <editor-fold defaultstate="collapsed" desc="HttpServlet methods. Click on the + sign on the left to edit the code.">
63    /**
64     * Handles the HTTP <code>GET</code> method.
65     *
66     * @param request servlet request
67     * @param response servlet response
68     * @throws ServletException if a servlet-specific error occurs
69     * @throws IOException if an I/O error occurs
70     */
71    @Override
72/*    protected void doGet(HttpServletRequest request, HttpServletResponse response)
73            throws ServletException, IOException {
74        processRequest(request, response);
75    }*/
76        protected void doGet(HttpServletRequest request, HttpServletResponse response)
77            throws ServletException, IOException {
78        //processRequest(request, response);
79        response.setContentType("application/json;charset=UTF-8");
80        response.setHeader("Access-Control-Allow-Origin", "*");
81        response.setHeader("Access-Control-Allow-Methods", "GET");
82        response.setHeader("Access-Control-Allow-Headers", request.getHeader("Access-Control-Request-Headers"));
83        response.setHeader("Access-Control-Max-Age", "-1");
84        PrintWriter out = response.getWriter();
85        String jpath = request.getParameter("jsonpath");
86        Path path = null;
87        try {
88            path = convertJ2Path(jpath);
89        } catch (JSONException ex) {
90            Logger.getLogger(SPServlet.class.getName()).log(Level.SEVERE, null, ex);
91        }
92        String query = null;
93        try {
94           query = convertPath2SPARQL(path);
95        } catch (Exception ex) {
96            Logger.getLogger(SPServlet.class.getName()).log(Level.SEVERE, null, ex);
97        }
98        out.print(query);
99    }
100
101   
102
103    /**
104     * Handles the HTTP <code>POST</code> method.
105     *
106     * @param request servlet request
107     * @param response servlet response
108     * @throws ServletException if a servlet-specific error occurs
109     * @throws IOException if an I/O error occurs
110     */
111    @Override
112    protected void doPost(HttpServletRequest request, HttpServletResponse response)
113            throws ServletException, IOException {
114        processRequest(request, response);
115    }
116
117    /**
118     * Returns a short description of the servlet.
119     *
120     * @return a String containing servlet description
121     */
122    @Override
123    public String getServletInfo() {
124        return "Short description";
125    }// </editor-fold>
126
127    private Path convertJ2Path(String jpath) throws JSONException{
128 
129       JSONObject object = new JSONObject(jpath);
130   
131    //   int width = Integer.parseInt(object.getJSONObject("width").toString());
132       JSONArray classLinks = object.getJSONArray("classLinks");
133        JSONObject jsonObject;
134        List <ClassLink> list = new ArrayList<ClassLink>();
135       
136       for (int i=0;i<classLinks.length();i++)
137       {
138            jsonObject = classLinks.getJSONObject(i); 
139               
140             String direction=jsonObject.getString("direction");
141             Direction myDirection = null;
142             if (direction.equals(Direction.forward.toString()))
143                     myDirection=Direction.forward;
144             else if (direction.equals(Direction.reverse.toString()))
145                 myDirection=Direction.reverse;
146                 else if (direction.equals(Direction.both.toString()))                 
147                  myDirection=Direction.both;
148           
149                 
150            String linkedLiteralDatatypeURI=null;
151               linkedLiteralDatatypeURI = jsonObject.getString("linkedLiteralDatatypeURI");
152               String linkedClassURI = jsonObject.getString("linkedClassURI");
153                  String propertyURI = jsonObject.getString("propertyURI");
154             
155        //    int numOfLinks = Integer.parseInt(jsonObject.getJSONObject("numOfLinks").toString());
156        //    int numOfLinkedInstances = Integer.parseInt(jsonObject.getJSONObject("numOfLinkedInstances").toString());
157        //    int numOfOriginInstances = Integer.parseInt(jsonObject.getJSONObject("numOfOriginInstances").toString());
158        //    int numOfOriginClassInstances = Integer.parseInt(jsonObject.getJSONObject("numOfOriginInstances").toString());           
159        //    int numOfLinkedClassInstances = Integer.parseInt(jsonObject.getJSONObject("numOfLinkedClassInstances").toString());
160             
161        //    ClassLink classLink =new ClassLink(propertyURI, linkedClassURI, linkedLiteralDatatypeURI, null,
162        //                       numOfLinks,  numOfOriginInstances,  numOfLinkedInstances,
163        //                       numOfOriginClassInstances,  numOfLinkedClassInstances,
164        //                      false, false);
165             ClassLink classLink =new ClassLink(propertyURI, linkedClassURI, linkedLiteralDatatypeURI, myDirection,
166                                 0,  0,  0,
167                                 0,  0,
168                                false, false);
169            System.out.println(classLink.getDirection().toString()); 
170           list.add(classLink);
171    }
172           String startClass = object.getString("startClassURI");
173          Path path = new Path(startClass,  list,  0);
174         
175          return path;
176    }
177   
178    private String convertPath2SPARQL(Path path) throws Exception{
179       
180         ArrayList<String> classname =new ArrayList<String>() ;
181               
182        if( path == null ){
183                        throw new Exception("Path is null.");
184                }
185                String startClass = path.getStartClass();
186                List<ClassLink> classLinks = path.getClassLinks();
187       
188                StringBuffer queryStr = new StringBuffer();
189                StringBuffer selStr = new StringBuffer();
190                StringBuffer whereStr = new StringBuffer();
191        //      if(num==0){
192                        int num = classLinks.size();
193        //      }
194                       
195                queryStr.append("PREFIX rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#>\n");
196                queryStr.append("PREFIX rdf: <http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#>\n");
197                               
198                selStr.append("SELECT ");
199                whereStr.append("WHERE { \n");
200
201                String properties = null;
202                String objectClasses = null;
203                String subjectClasses = null;
204                Direction direction = null;
205                int i = 0;
206                int k = 0;
207                for (ClassLink link :classLinks )
208                {
209                        properties = link.getPropertyURI();
210                        objectClasses = link.getLinkedClassURI();
211                        direction = link.getDirection();
212                       
213                        if (i==0)
214                             subjectClasses = startClass;
215                       
216                        classname.add(subjectClasses);
217                        selStr.append("?c").append(i).append(" ");
218                        selStr.append("?l").append(i).append(" ");
219                       
220                        if(i == classLinks.size())
221                                selStr.append("\n");
222                       
223                       
224                        whereStr.append("?c").append(i).
225                        append(" rdf:type ").
226                        append("<").
227                        append(subjectClasses).
228                        append(">").
229                        append(".\n");
230                       
231                        whereStr.append("OPTIONAL{\n?c"+i+" rdfs:label ?l"+i+".}\n");
232
233                                               
234                        if(direction == Direction.forward)
235                        {
236                        whereStr.append("?c").append(i).append(" ");
237                        whereStr.append("<").append(properties).append("> ");                   
238                        whereStr.append("?c").append(i+1).append(".\n");                       
239                        }
240                        else
241                        {
242                                whereStr.append("?c").append(i+1).append(" ");
243                                whereStr.append("<").append(properties).append("> ");
244                                whereStr.append("?c").append(i).append(".\n");
245                        }
246                       
247                        subjectClasses = objectClasses;
248                        i++;
249                        k++;
250                        if(k>=num){
251                                break;
252                        }
253                }
254               
255                selStr.append("?c").append(i).append(" \n");
256                selStr.append("?l").append(i).append(" \n");
257                whereStr.append("?c").append(i).append(" rdf:type ").
258                    append("<").
259                    append(subjectClasses).
260                    append(">").
261                        append(".\n");
262                whereStr.append("OPTIONAL{\n?c"+i+" rdfs:label ?l"+i+".}\n");
263                classname.add(subjectClasses);
264       
265                                       
266                queryStr.append(selStr).append(whereStr);
267               
268                queryStr.append("}");
269                //OPTIONAL
270                queryStr.append("LIMIT 100\n");
271               
272               System.out.println(queryStr);
273               
274              //rewrite Sparql               
275                         
276      ArrayList<String> classname2 = new ArrayList<String>();
277               for(int index=0;index<classname.size();index++){
278                 String  tmp=classname.get(index);
279               
280                 int mark;
281                 if((mark=tmp.indexOf("#"))!=-1)
282                     classname2.add(tmp.substring(mark+1));
283                  else classname2.add(tmp.substring(tmp.indexOf("/")+1));
284                   
285               }
286               String query=queryStr.toString();
287                for(int index=0;index<classname2.size();index++){
288                  String  original="c"+index;
289                 query= query.replaceAll(original, classname2.get(index));
290                }
291                query= query.replaceAll("\\?l","\\?label");
292                System.out.println(query); 
293                return query;
294       
295   
296    }
297    private static String rewriteSparql(String query){
298        StringBuffer tmp=new StringBuffer(query);
299       int index= tmp.indexOf("WHERE");
300       int begin=0,cnt=0;
301       while(begin<index)
302       {           
303          begin= tmp.indexOf("?c", begin);
304          cnt++;       
305     
306       }
307        return null;
308    }
309        private static List<String> convertJ2Path2(String jpath) throws JSONException{
310         List <String> list = null;
311           String temp =(String) jpath.subSequence(2, jpath.length()-2);
312      //  if (temp.contains(",""))
313             list =Arrays.asList(temp.split("\",\""));
314             return list;
315 
316     /*  JSONArray classLinks=new JSONArray(jpath);
317       String string;
318       
319       for (int i=0;i<classLinks.length();i++)
320       {
321            string = classLinks.getJSONObject(i).toString();
322            if (string.contains(",")) {
323             list =Arrays.asList(string.split(","));
324             
325       } else
326          throw new IllegalArgumentException("path error");
327               
328         }*/
329       
330       //   return list;   
331    }
332   
333    private static String convertPath2SPARQL2(List<String> path) throws Exception{
334        if( path == null ){
335                        throw new Exception("Path is null.");
336                }
337       
338                             
339                //List<String> classLinks = path.getClassLinks();
340               
341                StringBuffer queryStr = new StringBuffer();
342                StringBuffer selStr = new StringBuffer();
343                StringBuffer whereStr = new StringBuffer();
344        //      if(num==0){
345                //      int num = classLinks.size();
346        //      }
347                       
348                queryStr.append("PREFIX rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#>\n");
349                queryStr.append("PREFIX rdf: <http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#>\n");
350                               
351                selStr.append("SELECT ");
352                whereStr.append("WHERE { \n");
353
354                String properties = null;
355                String objectClasses = null;
356                String subjectClasses = null;
357                Direction direction = null;
358                int i = 0;
359                int k = 0;
360               
361                String startClass = path.get(path.size()-1);
362                List<String> classLinks = null;
363         //      ArrayList<String> array= (String[])path.toArray();
364             
365            //    classLinks.add(path.get(i));
366               
367                int num =(path.size()-1)/2;
368               
369                 for(int j=path.size()-2;j>0;j=j-2)
370                {
371                //      properties = link.getPropertyURI();
372                //      objectClasses = link.getLinkedClassURI();
373                //      direction = link.getDirection();
374                   properties =  path.get(j);
375                   objectClasses = path.get(j-1);
376                   direction = Direction.forward;
377                       
378                        if (i==0)
379                    subjectClasses = startClass;
380                       
381                        selStr.append("?c").append(i).append(" ");
382                        selStr.append("?l").append(i).append(" ");
383                       
384                //      if(i == path.size())
385                //              selStr.append("\n");
386                       
387                       
388                        whereStr.append("?c").append(i).
389                        append(" rdf:type ").
390                        append("<").
391                        append(subjectClasses).
392                        append(">").
393                        append(".\n");
394                       
395                        whereStr.append("OPTIONAL{\n?c"+i+" rdfs:label ?l"+i+".}\n");
396
397                                               
398                        if(direction == Direction.forward)
399                        {
400                        whereStr.append("?c").append(i).append(" ");
401                        whereStr.append("<").append(properties).append("> ");                   
402                        whereStr.append("?c").append(i+1).append(".\n");                       
403                        }
404                        else
405                        {
406                                whereStr.append("?c").append(i+1).append(" ");
407                                whereStr.append("<").append(properties).append("> ");
408                                whereStr.append("?c").append(i).append(".\n");
409                        }
410                       
411                        subjectClasses = objectClasses;
412                        i++;
413                        k++;
414                        if(k>=num){
415                                break;
416                        }
417                }
418               
419                selStr.append("?c").append(i).append(" \n");
420                selStr.append("?l").append(i).append(" \n");
421                whereStr.append("?c").append(i).append(" rdf:type ").
422                    append("<").
423                    append(subjectClasses).
424                    append(">").
425                        append(".\n");
426                whereStr.append("OPTIONAL{\n?c"+i+" rdfs:label ?l"+i+".}\n");
427       
428                                       
429                queryStr.append(selStr).append(whereStr);
430               
431                queryStr.append("}");
432                //OPTIONAL
433                queryStr.append("LIMIT 100\n");;
434               
435                System.out.println(queryStr);
436                return queryStr.toString();
437       
438   
439    }
440   
441}
Note: リポジトリブラウザについてのヘルプは TracBrowser を参照してください。