root/SPARQLBuilderWWW/src/java/org/biohackathon/SPARQLBuilder/www/SPServlet.java @ 230

リビジョン 229, 14.7 KB (コミッタ: atsuko, 10 年 前)

生成SPARQLから利用不可な記号を除去
行番号 
1/*
2 * To change this license header, choose License Headers in Project Properties.
3 * To change this template file, choose Tools | Templates
4 * and open the template in the editor.
5 */
6
7package org.biohackathon.SPARQLBuilder.www;
8
9import java.io.IOException;
10import java.io.PrintWriter;
11import java.util.ArrayList;
12import java.util.Arrays;
13import java.util.Iterator;
14import java.util.List;
15import java.util.logging.Level;
16import java.util.logging.Logger;
17import javax.servlet.ServletException;
18import javax.servlet.annotation.WebServlet;
19import javax.servlet.http.HttpServlet;
20import javax.servlet.http.HttpServletRequest;
21import javax.servlet.http.HttpServletResponse;
22import org.biohackathon.SPARQLBuilder.OWL.*;
23import org.json.JSONArray;
24import org.json.JSONException;
25import org.json.JSONObject;
26
27//import javax.json.Json;
28
29/**
30 *
31 * @author atsuko
32 */
33@WebServlet(name = "SPServlet", urlPatterns = {"/sparql"})
34public class SPServlet extends HttpServlet {
35
36    /**
37     * Processes requests for both HTTP <code>GET</code> and <code>POST</code>
38     * methods.
39     *
40     * @param request servlet request
41     * @param response servlet response
42     * @throws ServletException if a servlet-specific error occurs
43     * @throws IOException if an I/O error occurs
44     */
45    protected void processRequest(HttpServletRequest request, HttpServletResponse response)
46            throws ServletException, IOException {
47        response.setContentType("text/html;charset=UTF-8");
48        try (PrintWriter out = response.getWriter()) {
49            /* TODO output your page here. You may use following sample code. */
50            out.println("<!DOCTYPE html>");
51            out.println("<html>");
52            out.println("<head>");
53            out.println("<title>Servlet SPServlet</title>");           
54            out.println("</head>");
55            out.println("<body>");
56            out.println("<h1>Servlet SPServlet at " + request.getContextPath() + "</h1>");
57            out.println("</body>");
58            out.println("</html>");
59        }
60    }
61
62    // <editor-fold defaultstate="collapsed" desc="HttpServlet methods. Click on the + sign on the left to edit the code.">
63    /**
64     * Handles the HTTP <code>GET</code> method.
65     *
66     * @param request servlet request
67     * @param response servlet response
68     * @throws ServletException if a servlet-specific error occurs
69     * @throws IOException if an I/O error occurs
70     */
71    @Override
72/*    protected void doGet(HttpServletRequest request, HttpServletResponse response)
73            throws ServletException, IOException {
74        processRequest(request, response);
75    }*/
76        protected void doGet(HttpServletRequest request, HttpServletResponse response)
77            throws ServletException, IOException {
78        //processRequest(request, response);
79        response.setContentType("application/json;charset=UTF-8");
80        response.setHeader("Access-Control-Allow-Origin", "*");
81        response.setHeader("Access-Control-Allow-Methods", "GET");
82        response.setHeader("Access-Control-Allow-Headers", request.getHeader("Access-Control-Request-Headers"));
83        response.setHeader("Access-Control-Max-Age", "-1");
84        PrintWriter out = response.getWriter();
85        String jpath = request.getParameter("path");
86        System.out.println("Path");
87        System.out.println(jpath);
88        Path path = null;
89        try {
90            path = convertJ2Path(jpath);
91        } catch (JSONException ex) {
92            Logger.getLogger(SPServlet.class.getName()).log(Level.SEVERE, null, ex);
93        }
94        String query = null;
95        try {
96           query = convertPath2SPARQL(path);
97        } catch (Exception ex) {
98            Logger.getLogger(SPServlet.class.getName()).log(Level.SEVERE, null, ex);
99        }
100        out.print(query);
101    }
102
103   
104
105    /**
106     * Handles the HTTP <code>POST</code> method.
107     *
108     * @param request servlet request
109     * @param response servlet response
110     * @throws ServletException if a servlet-specific error occurs
111     * @throws IOException if an I/O error occurs
112     */
113    @Override
114    protected void doPost(HttpServletRequest request, HttpServletResponse response)
115            throws ServletException, IOException {
116        processRequest(request, response);
117    }
118
119    /**
120     * Returns a short description of the servlet.
121     *
122     * @return a String containing servlet description
123     */
124    @Override
125    public String getServletInfo() {
126        return "Short description";
127    }// </editor-fold>
128
129    private Path convertJ2Path(String jpath) throws JSONException{
130 
131       JSONObject object = new JSONObject(jpath);
132   
133    //   int width = Integer.parseInt(object.getJSONObject("width").toString());
134       JSONArray classLinks = object.getJSONArray("classLinks");
135        JSONObject jsonObject;
136        List <ClassLink> list = new ArrayList<ClassLink>();
137       
138       for (int i=0;i<classLinks.length();i++)
139       {
140            jsonObject = classLinks.getJSONObject(i); 
141               
142             String direction=jsonObject.getString("direction");
143             Direction myDirection = null;
144             if (direction.equals(Direction.forward.toString()))
145                     myDirection=Direction.forward;
146             else if (direction.equals(Direction.reverse.toString()))
147                 myDirection=Direction.reverse;
148                 else if (direction.equals(Direction.both.toString()))                 
149                  myDirection=Direction.both;
150           
151                 
152            String linkedLiteralDatatypeURI=null;
153               linkedLiteralDatatypeURI = jsonObject.getString("linkedLiteralDatatypeURI");
154               String linkedClassURI = jsonObject.getString("linkedClass");
155               String propertyURI = jsonObject.getString("predicate");
156             
157        //    int numOfLinks = Integer.parseInt(jsonObject.getJSONObject("numOfLinks").toString());
158        //    int numOfLinkedInstances = Integer.parseInt(jsonObject.getJSONObject("numOfLinkedInstances").toString());
159        //    int numOfOriginInstances = Integer.parseInt(jsonObject.getJSONObject("numOfOriginInstances").toString());
160        //    int numOfOriginClassInstances = Integer.parseInt(jsonObject.getJSONObject("numOfOriginInstances").toString());           
161        //    int numOfLinkedClassInstances = Integer.parseInt(jsonObject.getJSONObject("numOfLinkedClassInstances").toString());
162             
163        //    ClassLink classLink =new ClassLink(propertyURI, linkedClassURI, linkedLiteralDatatypeURI, null,
164        //                       numOfLinks,  numOfOriginInstances,  numOfLinkedInstances,
165        //                       numOfOriginClassInstances,  numOfLinkedClassInstances,
166        //                      false, false);
167             ClassLink classLink =new ClassLink(propertyURI, linkedClassURI, linkedLiteralDatatypeURI, myDirection,
168                                 0,  0,  0,
169                                 0,  0,
170                                false, false);
171            System.out.println(classLink.getDirection().toString()); 
172           list.add(classLink);
173    }
174           String startClass = object.getString("startClass");
175          Path path = new Path(startClass,  list,  0);
176         
177          return path;
178    }
179   
180    private String convertPath2SPARQL(Path path) throws Exception{
181       
182         ArrayList<String> classname =new ArrayList<String>() ;
183               
184        if( path == null ){
185                        throw new Exception("Path is null.");
186                }
187                String startClass = path.getStartClass();
188                List<ClassLink> classLinks = path.getClassLinks();
189       
190                StringBuffer queryStr = new StringBuffer();
191                StringBuffer selStr = new StringBuffer();
192                StringBuffer whereStr = new StringBuffer();
193        //      if(num==0){
194                        int num = classLinks.size();
195        //      }
196                       
197                queryStr.append("PREFIX rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#>\n");
198                queryStr.append("PREFIX rdf: <http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#>\n");
199                               
200                selStr.append("SELECT ");
201                whereStr.append("WHERE { \n");
202
203                String properties = null;
204                String objectClasses = null;
205                String subjectClasses = null;
206                Direction direction = null;
207                int i = 0;
208                int k = 0;
209                for (ClassLink link :classLinks )
210                {
211                        properties = link.getPropertyURI();
212                        objectClasses = link.getLinkedClassURI();
213                        direction = link.getDirection();
214                       
215                        if (i==0)
216                             subjectClasses = startClass;
217                       
218                        classname.add(subjectClasses);
219                        selStr.append("?c").append(i).append(" ");
220                        selStr.append("?l").append(i).append(" ");
221                       
222                        if(i == classLinks.size())
223                                selStr.append("\n");
224                       
225                       
226                        whereStr.append("?c").append(i).
227                        append(" rdf:type ").
228                        append("<").
229                        append(subjectClasses).
230                        append(">").
231                        append(".\n");
232                       
233                        whereStr.append("OPTIONAL{\n?c"+i+" rdfs:label ?l"+i+".}\n");
234
235                                               
236                        if(direction == Direction.forward)
237                        {
238                        whereStr.append("?c").append(i).append(" ");
239                        whereStr.append("<").append(properties).append("> ");                   
240                        whereStr.append("?c").append(i+1).append(".\n");                       
241                        }
242                        else
243                        {
244                                whereStr.append("?c").append(i+1).append(" ");
245                                whereStr.append("<").append(properties).append("> ");
246                                whereStr.append("?c").append(i).append(".\n");
247                        }
248                       
249                        subjectClasses = objectClasses;
250                        i++;
251                        k++;
252                        if(k>=num){
253                                break;
254                        }
255                }
256               
257                selStr.append("?c").append(i).append(" \n");
258                selStr.append("?l").append(i).append(" \n");
259                whereStr.append("?c").append(i).append(" rdf:type ").
260                    append("<").
261                    append(subjectClasses).
262                    append(">").
263                        append(".\n");
264                whereStr.append("OPTIONAL{\n?c"+i+" rdfs:label ?l"+i+".}\n");
265                classname.add(subjectClasses);
266       
267                                       
268                queryStr.append(selStr).append(whereStr);
269               
270                queryStr.append("}");
271                //OPTIONAL
272                queryStr.append("LIMIT 100\n");
273               
274               System.out.println(queryStr);
275               
276              //rewrite Sparql               
277                         
278               ArrayList<String> classname2 = new ArrayList<String>();
279               for(int index=0;index<classname.size();index++){
280                  String  tmp=classname.get(index);
281                  /*
282                  int mark;
283                  if((mark=tmp.indexOf("#"))!=-1)
284                     classname2.add(tmp.substring(mark+1));
285                  else classname2.add(tmp.substring(tmp.indexOf("/")+1));
286                  */
287                  // changed by Atsuko
288                  String[] sname1 = tmp.split("#");
289                  String[] sname2 = sname1[sname1.length -1].split("/");
290                  String[] sname3 = sname2[sname2.length -1].split(":");
291                  String cname = sname3[sname3.length -1].replaceAll("-", "");
292                  classname2.add(cname);
293               }
294               String query=queryStr.toString();
295                for(int index=0;index<classname2.size();index++){
296                  String  original="c"+index;
297                  query= query.replaceAll(original, classname2.get(index));
298                }
299                query= query.replaceAll("\\?l","\\?label");
300                System.out.println(query);
301                return query;
302    }
303   
304    private static String rewriteSparql(String query){
305        StringBuffer tmp=new StringBuffer(query);
306       int index= tmp.indexOf("WHERE");
307       int begin=0,cnt=0;
308       while(begin<index)
309       {           
310          begin= tmp.indexOf("?c", begin);
311          cnt++;       
312     
313       }
314        return null;
315    }
316        private static List<String> convertJ2Path2(String jpath) throws JSONException{
317         List <String> list = null;
318           String temp =(String) jpath.subSequence(2, jpath.length()-2);
319      //  if (temp.contains(",""))
320             list =Arrays.asList(temp.split("\",\""));
321             return list;
322 
323     /*  JSONArray classLinks=new JSONArray(jpath);
324       String string;
325       
326       for (int i=0;i<classLinks.length();i++)
327       {
328            string = classLinks.getJSONObject(i).toString();
329            if (string.contains(",")) {
330             list =Arrays.asList(string.split(","));
331             
332       } else
333          throw new IllegalArgumentException("path error");
334               
335         }*/
336       
337       //   return list;   
338    }
339   
340    private static String convertPath2SPARQL2(List<String> path) throws Exception{
341        if( path == null ){
342                        throw new Exception("Path is null.");
343                }
344       
345                             
346                //List<String> classLinks = path.getClassLinks();
347               
348                StringBuffer queryStr = new StringBuffer();
349                StringBuffer selStr = new StringBuffer();
350                StringBuffer whereStr = new StringBuffer();
351        //      if(num==0){
352                //      int num = classLinks.size();
353        //      }
354                       
355                queryStr.append("PREFIX rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#>\n");
356                queryStr.append("PREFIX rdf: <http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#>\n");
357                               
358                selStr.append("SELECT ");
359                whereStr.append("WHERE { \n");
360
361                String properties = null;
362                String objectClasses = null;
363                String subjectClasses = null;
364                Direction direction = null;
365                int i = 0;
366                int k = 0;
367               
368                String startClass = path.get(path.size()-1);
369                List<String> classLinks = null;
370         //      ArrayList<String> array= (String[])path.toArray();
371             
372            //    classLinks.add(path.get(i));
373               
374                int num =(path.size()-1)/2;
375               
376                 for(int j=path.size()-2;j>0;j=j-2)
377                {
378                //      properties = link.getPropertyURI();
379                //      objectClasses = link.getLinkedClassURI();
380                //      direction = link.getDirection();
381                   properties =  path.get(j);
382                   objectClasses = path.get(j-1);
383                   direction = Direction.forward;
384                       
385                        if (i==0)
386                    subjectClasses = startClass;
387                       
388                        selStr.append("?c").append(i).append(" ");
389                        selStr.append("?l").append(i).append(" ");
390                       
391                //      if(i == path.size())
392                //              selStr.append("\n");
393                       
394                       
395                        whereStr.append("?c").append(i).
396                        append(" rdf:type ").
397                        append("<").
398                        append(subjectClasses).
399                        append(">").
400                        append(".\n");
401                       
402                        whereStr.append("OPTIONAL{\n?c"+i+" rdfs:label ?l"+i+".}\n");
403
404                                               
405                        if(direction == Direction.forward)
406                        {
407                        whereStr.append("?c").append(i).append(" ");
408                        whereStr.append("<").append(properties).append("> ");                   
409                        whereStr.append("?c").append(i+1).append(".\n");                       
410                        }
411                        else
412                        {
413                                whereStr.append("?c").append(i+1).append(" ");
414                                whereStr.append("<").append(properties).append("> ");
415                                whereStr.append("?c").append(i).append(".\n");
416                        }
417                       
418                        subjectClasses = objectClasses;
419                        i++;
420                        k++;
421                        if(k>=num){
422                                break;
423                        }
424                }
425               
426                selStr.append("?c").append(i).append(" \n");
427                selStr.append("?l").append(i).append(" \n");
428                whereStr.append("?c").append(i).append(" rdf:type ").
429                    append("<").
430                    append(subjectClasses).
431                    append(">").
432                        append(".\n");
433                whereStr.append("OPTIONAL{\n?c"+i+" rdfs:label ?l"+i+".}\n");
434       
435                                       
436                queryStr.append(selStr).append(whereStr);
437               
438                queryStr.append("}");
439                //OPTIONAL
440                queryStr.append("LIMIT 100\n");;
441               
442                System.out.println(queryStr);
443                return queryStr.toString();
444       
445   
446    }
447   
448}
Note: リポジトリブラウザについてのヘルプは TracBrowser を参照してください。