root/SPARQLBuilderWWW/src/java/org/biohackathon/SPARQLBuilder/www/SPServlet.java @ 275

リビジョン 248, 14.6 KB (コミッタ: atsuko, 10 年 前)

枝刈り，クラス順序変更(数字は下に)
行番号 
1/*
2 * To change this license header, choose License Headers in Project Properties.
3 * To change this template file, choose Tools | Templates
4 * and open the template in the editor.
5 */
6
7package org.biohackathon.SPARQLBuilder.www;
8
9import java.io.IOException;
10import java.io.PrintWriter;
11import java.util.ArrayList;
12import java.util.Arrays;
13import java.util.Iterator;
14import java.util.List;
15import java.util.logging.Level;
16import java.util.logging.Logger;
17import javax.servlet.ServletException;
18import javax.servlet.annotation.WebServlet;
19import javax.servlet.http.HttpServlet;
20import javax.servlet.http.HttpServletRequest;
21import javax.servlet.http.HttpServletResponse;
22import org.biohackathon.SPARQLBuilder.OWL.*;
23import org.json.JSONArray;
24import org.json.JSONException;
25import org.json.JSONObject;
26
27//import javax.json.Json;
28
29/**
30 *
31 * @author atsuko
32 */
33@WebServlet(name = "SPServlet", urlPatterns = {"/sparql"})
34public class SPServlet extends HttpServlet {
35
36    /**
37     * Processes requests for both HTTP <code>GET</code> and <code>POST</code>
38     * methods.
39     *
40     * @param request servlet request
41     * @param response servlet response
42     * @throws ServletException if a servlet-specific error occurs
43     * @throws IOException if an I/O error occurs
44     */
45    protected void processRequest(HttpServletRequest request, HttpServletResponse response)
46            throws ServletException, IOException {
47        response.setContentType("text/html;charset=UTF-8");
48        try (PrintWriter out = response.getWriter()) {
49            /* TODO output your page here. You may use following sample code. */
50            out.println("<!DOCTYPE html>");
51            out.println("<html>");
52            out.println("<head>");
53            out.println("<title>Servlet SPServlet</title>");           
54            out.println("</head>");
55            out.println("<body>");
56            out.println("<h1>Servlet SPServlet at " + request.getContextPath() + "</h1>");
57            out.println("</body>");
58            out.println("</html>");
59        }
60    }
61
62    // <editor-fold defaultstate="collapsed" desc="HttpServlet methods. Click on the + sign on the left to edit the code.">
63    /**
64     * Handles the HTTP <code>GET</code> method.
65     *
66     * @param request servlet request
67     * @param response servlet response
68     * @throws ServletException if a servlet-specific error occurs
69     * @throws IOException if an I/O error occurs
70     */
71    @Override
72/*    protected void doGet(HttpServletRequest request, HttpServletResponse response)
73            throws ServletException, IOException {
74        processRequest(request, response);
75    }*/
76        protected void doGet(HttpServletRequest request, HttpServletResponse response)
77            throws ServletException, IOException {
78        //processRequest(request, response);
79        response.setContentType("application/json;charset=UTF-8");
80        response.setHeader("Access-Control-Allow-Origin", "*");
81        response.setHeader("Access-Control-Allow-Methods", "GET");
82        response.setHeader("Access-Control-Allow-Headers", request.getHeader("Access-Control-Request-Headers"));
83        response.setHeader("Access-Control-Max-Age", "-1");
84        PrintWriter out = response.getWriter();
85        String jpath = request.getParameter("path");
86        System.out.println("Path");
87        System.out.println(jpath);
88        Path path = null;
89        try {
90            path = convertJ2Path(jpath);
91        } catch (JSONException ex) {
92            Logger.getLogger(SPServlet.class.getName()).log(Level.SEVERE, null, ex);
93        }
94        String query = null;
95        try {
96           query = convertPath2SPARQL(path);
97        } catch (Exception ex) {
98            Logger.getLogger(SPServlet.class.getName()).log(Level.SEVERE, null, ex);
99        }
100        out.print(query);
101    }
102
103   
104
105    /**
106     * Handles the HTTP <code>POST</code> method.
107     *
108     * @param request servlet request
109     * @param response servlet response
110     * @throws ServletException if a servlet-specific error occurs
111     * @throws IOException if an I/O error occurs
112     */
113    @Override
114    protected void doPost(HttpServletRequest request, HttpServletResponse response)
115            throws ServletException, IOException {
116        processRequest(request, response);
117    }
118
119    /**
120     * Returns a short description of the servlet.
121     *
122     * @return a String containing servlet description
123     */
124    @Override
125    public String getServletInfo() {
126        return "Short description";
127    }// </editor-fold>
128
129    private Path convertJ2Path(String jpath) throws JSONException{
130 
131       JSONObject object = new JSONObject(jpath);
132   
133    //   int width = Integer.parseInt(object.getJSONObject("width").toString());
134       JSONArray classLinks = object.getJSONArray("classLinks");
135        JSONObject jsonObject;
136        List <ClassLink> list = new ArrayList<ClassLink>();
137       
138       for (int i=0;i<classLinks.length();i++)
139       {
140            jsonObject = classLinks.getJSONObject(i); 
141               
142             String direction=jsonObject.getString("direction");
143             Direction myDirection = null;
144             if (direction.equals(Direction.forward.toString()))
145                     myDirection=Direction.forward;
146             else if (direction.equals(Direction.reverse.toString()))
147                 myDirection=Direction.reverse;
148                 else if (direction.equals(Direction.both.toString()))                 
149                  myDirection=Direction.both;
150           
151                 
152            String linkedLiteralDatatypeURI=null;
153               linkedLiteralDatatypeURI = jsonObject.getString("linkedLiteralDatatypeURI");
154               String linkedClassURI = jsonObject.getString("linkedClass");
155               String propertyURI = jsonObject.getString("predicate");
156             
157        //    int numOfLinks = Integer.parseInt(jsonObject.getJSONObject("numOfLinks").toString());
158        //    int numOfLinkedInstances = Integer.parseInt(jsonObject.getJSONObject("numOfLinkedInstances").toString());
159        //    int numOfOriginInstances = Integer.parseInt(jsonObject.getJSONObject("numOfOriginInstances").toString());
160        //    int numOfOriginClassInstances = Integer.parseInt(jsonObject.getJSONObject("numOfOriginInstances").toString());           
161        //    int numOfLinkedClassInstances = Integer.parseInt(jsonObject.getJSONObject("numOfLinkedClassInstances").toString());
162             
163        //    ClassLink classLink =new ClassLink(propertyURI, linkedClassURI, linkedLiteralDatatypeURI, null,
164        //                       numOfLinks,  numOfOriginInstances,  numOfLinkedInstances,
165        //                       numOfOriginClassInstances,  numOfLinkedClassInstances,
166        //                      false, false);
167             ClassLink classLink =new ClassLink(propertyURI, linkedClassURI, linkedLiteralDatatypeURI, myDirection,
168                                 0,  0,  0,
169                                 0,  0,
170                                false, false);
171            System.out.println(classLink.getDirection().toString()); 
172           list.add(classLink);
173    }
174           String startClass = object.getString("startClass");
175          Path path = new Path(startClass,  list,  0);
176         
177          return path;
178    }
179   
180    private String convertPath2SPARQL(Path path) throws Exception{
181        ArrayList<String> classname =new ArrayList<String>() ;
182        if( path == null ){
183                        throw new Exception("Path is null.");
184                }
185                String startClass = path.getStartClass();
186                List<ClassLink> classLinks = path.getClassLinks();
187       
188                StringBuffer queryStr = new StringBuffer();
189                StringBuffer selStr = new StringBuffer();
190                StringBuffer whereStr = new StringBuffer();
191        //      if(num==0){
192                        int num = classLinks.size();
193        //      }
194                       
195                queryStr.append("PREFIX rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#>\n");
196                queryStr.append("PREFIX rdf: <http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#>\n");
197                               
198                selStr.append("SELECT ");
199                whereStr.append("WHERE { \n");
200
201                String properties = null;
202                String objectClasses = null;
203                String subjectClasses = null;
204                Direction direction = null;
205                int i = 0;
206                int k = 0;
207                for (ClassLink link :classLinks )
208                {
209                        properties = link.getPropertyURI();
210                        objectClasses = link.getLinkedClassURI();
211                        direction = link.getDirection();
212                       
213                        if (i==0)
214                             subjectClasses = startClass;
215                       
216                        classname.add(subjectClasses);
217                        selStr.append("?c").append(i).append(" ");
218                        selStr.append("?l").append(i).append(" ");
219                       
220                        if(i == classLinks.size())
221                                selStr.append("\n");
222                       
223                       
224                        whereStr.append("?c").append(i).
225                        append(" rdf:type ").
226                        append("<").
227                        append(subjectClasses).
228                        append(">").
229                        append(".\n");
230                       
231                        whereStr.append("OPTIONAL{\n?c"+i+" rdfs:label ?l"+i+".}\n");
232
233                                               
234                        if(direction == Direction.forward)
235                        {
236                        whereStr.append("?c").append(i).append(" ");
237                        whereStr.append("<").append(properties).append("> ");                   
238                        whereStr.append("?c").append(i+1).append(".\n");                       
239                        }
240                        else
241                        {
242                                whereStr.append("?c").append(i+1).append(" ");
243                                whereStr.append("<").append(properties).append("> ");
244                                whereStr.append("?c").append(i).append(".\n");
245                        }
246                       
247                        subjectClasses = objectClasses;
248                        i++;
249                        k++;
250                        if(k>=num){
251                                break;
252                        }
253                }
254               
255                selStr.append("?c").append(i).append(" \n");
256                selStr.append("?l").append(i).append(" \n");
257                whereStr.append("?c").append(i).append(" rdf:type ").
258                    append("<").
259                    append(subjectClasses).
260                    append(">").
261                        append(".\n");
262                whereStr.append("OPTIONAL{\n?c"+i+" rdfs:label ?l"+i+".}\n");
263                classname.add(subjectClasses);
264       
265                                       
266                queryStr.append(selStr).append(whereStr);
267               
268                queryStr.append("}");
269                //OPTIONAL
270                queryStr.append("LIMIT 100\n");
271               
272               System.out.println(queryStr);
273               
274              //rewrite Sparql               
275                         
276               ArrayList<String> classname2 = new ArrayList<String>();
277               for(int index=0;index<classname.size();index++){
278                  String  tmp=classname.get(index);
279                  /*
280                  int mark;
281                  if((mark=tmp.indexOf("#"))!=-1)
282                     classname2.add(tmp.substring(mark+1));
283                  else classname2.add(tmp.substring(tmp.indexOf("/")+1));
284                  */
285                  // changed by Atsuko
286                  String[] sname1 = tmp.split("#");
287                  String[] sname2 = sname1[sname1.length -1].split("/");
288                  String[] sname3 = sname2[sname2.length -1].split(":");
289                  String cname = sname3[sname3.length -1].replaceAll("-", "");
290                  classname2.add(cname);
291               }
292               String query=queryStr.toString();
293                for(int index=0;index<classname2.size();index++){
294                  String  original="c"+index;
295                  query= query.replaceAll(original, classname2.get(index));
296                }
297                query= query.replaceAll("\\?l","\\?label");
298                System.out.println(query);
299                return query;
300    }
301   
302    private static String rewriteSparql(String query){
303        StringBuffer tmp=new StringBuffer(query);
304       int index= tmp.indexOf("WHERE");
305       int begin=0,cnt=0;
306       while(begin<index)
307       {           
308          begin= tmp.indexOf("?c", begin);
309          cnt++;       
310     
311       }
312        return null;
313    }
314        private static List<String> convertJ2Path2(String jpath) throws JSONException{
315         List <String> list = null;
316           String temp =(String) jpath.subSequence(2, jpath.length()-2);
317      //  if (temp.contains(",""))
318             list =Arrays.asList(temp.split("\",\""));
319             return list;
320 
321     /*  JSONArray classLinks=new JSONArray(jpath);
322       String string;
323       
324       for (int i=0;i<classLinks.length();i++)
325       {
326            string = classLinks.getJSONObject(i).toString();
327            if (string.contains(",")) {
328             list =Arrays.asList(string.split(","));
329             
330       } else
331          throw new IllegalArgumentException("path error");
332               
333         }*/
334       
335       //   return list;   
336    }
337   
338    private static String convertPath2SPARQL2(List<String> path) throws Exception{
339        if( path == null ){
340                        throw new Exception("Path is null.");
341                }
342       
343                             
344                //List<String> classLinks = path.getClassLinks();
345               
346                StringBuffer queryStr = new StringBuffer();
347                StringBuffer selStr = new StringBuffer();
348                StringBuffer whereStr = new StringBuffer();
349        //      if(num==0){
350                //      int num = classLinks.size();
351        //      }
352                       
353                queryStr.append("PREFIX rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#>\n");
354                queryStr.append("PREFIX rdf: <http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#>\n");
355                               
356                selStr.append("SELECT ");
357                whereStr.append("WHERE { \n");
358
359                String properties = null;
360                String objectClasses = null;
361                String subjectClasses = null;
362                Direction direction = null;
363                int i = 0;
364                int k = 0;
365               
366                String startClass = path.get(path.size()-1);
367                List<String> classLinks = null;
368         //      ArrayList<String> array= (String[])path.toArray();
369             
370            //    classLinks.add(path.get(i));
371               
372                int num =(path.size()-1)/2;
373               
374                 for(int j=path.size()-2;j>0;j=j-2)
375                {
376                //      properties = link.getPropertyURI();
377                //      objectClasses = link.getLinkedClassURI();
378                //      direction = link.getDirection();
379                   properties =  path.get(j);
380                   objectClasses = path.get(j-1);
381                   direction = Direction.forward;
382                       
383                        if (i==0)
384                    subjectClasses = startClass;
385                       
386                        selStr.append("?c").append(i).append(" ");
387                        selStr.append("?l").append(i).append(" ");
388                       
389                //      if(i == path.size())
390                //              selStr.append("\n");
391                       
392                       
393                        whereStr.append("?c").append(i).
394                        append(" rdf:type ").
395                        append("<").
396                        append(subjectClasses).
397                        append(">").
398                        append(".\n");
399                       
400                        whereStr.append("OPTIONAL{\n?c"+i+" rdfs:label ?l"+i+".}\n");
401
402                                               
403                        if(direction == Direction.forward)
404                        {
405                        whereStr.append("?c").append(i).append(" ");
406                        whereStr.append("<").append(properties).append("> ");                   
407                        whereStr.append("?c").append(i+1).append(".\n");                       
408                        }
409                        else
410                        {
411                                whereStr.append("?c").append(i+1).append(" ");
412                                whereStr.append("<").append(properties).append("> ");
413                                whereStr.append("?c").append(i).append(".\n");
414                        }
415                       
416                        subjectClasses = objectClasses;
417                        i++;
418                        k++;
419                        if(k>=num){
420                                break;
421                        }
422                }
423               
424                selStr.append("?c").append(i).append(" \n");
425                selStr.append("?l").append(i).append(" \n");
426                whereStr.append("?c").append(i).append(" rdf:type ").
427                    append("<").
428                    append(subjectClasses).
429                    append(">").
430                        append(".\n");
431                whereStr.append("OPTIONAL{\n?c"+i+" rdfs:label ?l"+i+".}\n");
432       
433                                       
434                queryStr.append(selStr).append(whereStr);
435               
436                queryStr.append("}");
437                //OPTIONAL
438                queryStr.append("LIMIT 100\n");;
439               
440                System.out.println(queryStr);
441                return queryStr.toString();
442       
443   
444    }
445   
446}
Note: リポジトリブラウザについてのヘルプは TracBrowser を参照してください。