root/SPARQLBuilderWWW2016/src/java/org/biohackathon/SPARQLBuilder/www/SPServlet.java @ 277

リビジョン 273, 14.6 KB (コミッタ: atsuko, 9 年 前)

新クローラに対応
行番号 
1/*
2 * To change this license header, choose License Headers in Project Properties.
3 * To change this template file, choose Tools | Templates
4 * and open the template in the editor.
5 */
6
7package org.biohackathon.SPARQLBuilder.www;
8
9import java.io.IOException;
10import java.io.PrintWriter;
11import java.util.ArrayList;
12import java.util.Arrays;
13import java.util.Iterator;
14import java.util.List;
15import java.util.logging.Level;
16import java.util.logging.Logger;
17import javax.servlet.ServletException;
18import javax.servlet.annotation.WebServlet;
19import javax.servlet.http.HttpServlet;
20import javax.servlet.http.HttpServletRequest;
21import javax.servlet.http.HttpServletResponse;
22import org.biohackathon.SPARQLBuilder.OWL.*;
23import org.json.JSONArray;
24import org.json.JSONException;
25import org.json.JSONObject;
26
27//import javax.json.Json;
28
29/**
30 *
31 * @author atsuko
32 */
33@WebServlet(name = "SPServlet", urlPatterns = {"/sparql"})
34public class SPServlet extends HttpServlet {
35
36    /**
37     * Processes requests for both HTTP <code>GET</code> and <code>POST</code>
38     * methods.
39     *
40     * @param request servlet request
41     * @param response servlet response
42     * @throws ServletException if a servlet-specific error occurs
43     * @throws IOException if an I/O error occurs
44     */
45    protected void processRequest(HttpServletRequest request, HttpServletResponse response)
46            throws ServletException, IOException {
47        response.setContentType("text/html;charset=UTF-8");
48        try (PrintWriter out = response.getWriter()) {
49            /* TODO output your page here. You may use following sample code. */
50            out.println("<!DOCTYPE html>");
51            out.println("<html>");
52            out.println("<head>");
53            out.println("<title>Servlet SPServlet</title>");           
54            out.println("</head>");
55            out.println("<body>");
56            out.println("<h1>Servlet SPServlet at " + request.getContextPath() + "</h1>");
57            out.println("</body>");
58            out.println("</html>");
59        }
60    }
61
62    // <editor-fold defaultstate="collapsed" desc="HttpServlet methods. Click on the + sign on the left to edit the code.">
63    /**
64     * Handles the HTTP <code>GET</code> method.
65     *
66     * @param request servlet request
67     * @param response servlet response
68     * @throws ServletException if a servlet-specific error occurs
69     * @throws IOException if an I/O error occurs
70     */
71    @Override
72/*    protected void doGet(HttpServletRequest request, HttpServletResponse response)
73            throws ServletException, IOException {
74        processRequest(request, response);
75    }*/
76        protected void doGet(HttpServletRequest request, HttpServletResponse response)
77            throws ServletException, IOException {
78        //processRequest(request, response);
79        response.setContentType("application/json;charset=UTF-8");
80        response.setHeader("Access-Control-Allow-Origin", "*");
81        response.setHeader("Access-Control-Allow-Methods", "GET");
82        response.setHeader("Access-Control-Allow-Headers", request.getHeader("Access-Control-Request-Headers"));
83        response.setHeader("Access-Control-Max-Age", "-1");
84        PrintWriter out = response.getWriter();
85        String jpath = request.getParameter("path");
86        System.out.println("Path");
87        System.out.println(jpath);
88        Path path = null;
89        try {
90            path = convertJ2Path(jpath);
91        } catch (JSONException ex) {
92            Logger.getLogger(SPServlet.class.getName()).log(Level.SEVERE, null, ex);
93        }
94        String query = null;
95        try {
96           query = convertPath2SPARQL(path);
97        } catch (Exception ex) {
98            Logger.getLogger(SPServlet.class.getName()).log(Level.SEVERE, null, ex);
99        }
100        out.print(query);
101    }
102
103   
104
105    /**
106     * Handles the HTTP <code>POST</code> method.
107     *
108     * @param request servlet request
109     * @param response servlet response
110     * @throws ServletException if a servlet-specific error occurs
111     * @throws IOException if an I/O error occurs
112     */
113    @Override
114    protected void doPost(HttpServletRequest request, HttpServletResponse response)
115            throws ServletException, IOException {
116        processRequest(request, response);
117    }
118
119    /**
120     * Returns a short description of the servlet.
121     *
122     * @return a String containing servlet description
123     */
124    @Override
125    public String getServletInfo() {
126        return "Short description";
127    }// </editor-fold>
128
129    private Path convertJ2Path(String jpath) throws JSONException{
130 
131       JSONObject object = new JSONObject(jpath);
132   
133    //   int width = Integer.parseInt(object.getJSONObject("width").toString());
134       JSONArray classLinks = object.getJSONArray("classLinks");
135        JSONObject jsonObject;
136        List <ClassLink> list = new ArrayList<ClassLink>();
137       
138       for (int i=0;i<classLinks.length();i++)
139       {
140            jsonObject = classLinks.getJSONObject(i); 
141               
142             String direction=jsonObject.getString("direction");
143             Direction myDirection = null;
144             if (direction.equals(Direction.forward.toString()))
145                     myDirection=Direction.forward;
146             else if (direction.equals(Direction.reverse.toString()))
147                 myDirection=Direction.reverse;
148                 else if (direction.equals(Direction.both.toString()))                 
149                  myDirection=Direction.both;
150           
151                 
152            String linkedLiteralDatatypeURI=null;
153               linkedLiteralDatatypeURI = jsonObject.getString("linkedLiteralDatatypeURI");
154               String linkedClassURI = jsonObject.getString("linkedClass");
155               String propertyURI = jsonObject.getString("predicate");
156             
157        //    int numOfLinks = Integer.parseInt(jsonObject.getJSONObject("numOfLinks").toString());
158        //    int numOfLinkedInstances = Integer.parseInt(jsonObject.getJSONObject("numOfLinkedInstances").toString());
159        //    int numOfOriginInstances = Integer.parseInt(jsonObject.getJSONObject("numOfOriginInstances").toString());
160        //    int numOfOriginClassInstances = Integer.parseInt(jsonObject.getJSONObject("numOfOriginInstances").toString());           
161        //    int numOfLinkedClassInstances = Integer.parseInt(jsonObject.getJSONObject("numOfLinkedClassInstances").toString());
162             
163        //    ClassLink classLink =new ClassLink(propertyURI, linkedClassURI, linkedLiteralDatatypeURI, null,
164        //                       numOfLinks,  numOfOriginInstances,  numOfLinkedInstances,
165        //                       numOfOriginClassInstances,  numOfLinkedClassInstances,
166        //                      false, false);
167             ClassLink classLink = new ClassLink(propertyURI, linkedClassURI, linkedLiteralDatatypeURI, myDirection,
168                                 0,  0,  0,
169                                 0,  0);
170            System.out.println(classLink.getDirection().toString()); 
171           list.add(classLink);
172    }
173           String startClass = object.getString("startClass");
174          Path path = new Path(startClass,  list,  0);
175         
176          return path;
177    }
178   
179    private String convertPath2SPARQL(Path path) throws Exception{
180        ArrayList<String> classname =new ArrayList<String>() ;
181        if( path == null ){
182                        throw new Exception("Path is null.");
183                }
184                String startClass = path.getStartClass();
185                List<ClassLink> classLinks = path.getClassLinks();
186       
187                StringBuffer queryStr = new StringBuffer();
188                StringBuffer selStr = new StringBuffer();
189                StringBuffer whereStr = new StringBuffer();
190        //      if(num==0){
191                        int num = classLinks.size();
192        //      }
193                       
194                queryStr.append("PREFIX rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#>\n");
195                queryStr.append("PREFIX rdf: <http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#>\n");
196                               
197                selStr.append("SELECT ");
198                whereStr.append("WHERE { \n");
199
200                String properties = null;
201                String objectClasses = null;
202                String subjectClasses = null;
203                Direction direction = null;
204                int i = 0;
205                int k = 0;
206                for (ClassLink link :classLinks )
207                {
208                        properties = link.getPropertyURI();
209                        objectClasses = link.getLinkedClassURI();
210                        direction = link.getDirection();
211                       
212                        if (i==0)
213                             subjectClasses = startClass;
214                       
215                        classname.add(subjectClasses);
216                        selStr.append("?c").append(i).append(" ");
217                        selStr.append("?l").append(i).append(" ");
218                       
219                        if(i == classLinks.size())
220                                selStr.append("\n");
221                       
222                       
223                        whereStr.append("?c").append(i).
224                        append(" rdf:type ").
225                        append("<").
226                        append(subjectClasses).
227                        append(">").
228                        append(".\n");
229                       
230                        whereStr.append("OPTIONAL{\n?c"+i+" rdfs:label ?l"+i+".}\n");
231
232                                               
233                        if(direction == Direction.forward)
234                        {
235                        whereStr.append("?c").append(i).append(" ");
236                        whereStr.append("<").append(properties).append("> ");                   
237                        whereStr.append("?c").append(i+1).append(".\n");                       
238                        }
239                        else
240                        {
241                                whereStr.append("?c").append(i+1).append(" ");
242                                whereStr.append("<").append(properties).append("> ");
243                                whereStr.append("?c").append(i).append(".\n");
244                        }
245                       
246                        subjectClasses = objectClasses;
247                        i++;
248                        k++;
249                        if(k>=num){
250                                break;
251                        }
252                }
253               
254                selStr.append("?c").append(i).append(" \n");
255                selStr.append("?l").append(i).append(" \n");
256                whereStr.append("?c").append(i).append(" rdf:type ").
257                    append("<").
258                    append(subjectClasses).
259                    append(">").
260                        append(".\n");
261                whereStr.append("OPTIONAL{\n?c"+i+" rdfs:label ?l"+i+".}\n");
262                classname.add(subjectClasses);
263       
264                                       
265                queryStr.append(selStr).append(whereStr);
266               
267                queryStr.append("}");
268                //OPTIONAL
269                queryStr.append("LIMIT 100\n");
270               
271               System.out.println(queryStr);
272               
273              //rewrite Sparql               
274                         
275               ArrayList<String> classname2 = new ArrayList<String>();
276               for(int index=0;index<classname.size();index++){
277                  String  tmp=classname.get(index);
278                  /*
279                  int mark;
280                  if((mark=tmp.indexOf("#"))!=-1)
281                     classname2.add(tmp.substring(mark+1));
282                  else classname2.add(tmp.substring(tmp.indexOf("/")+1));
283                  */
284                  // changed by Atsuko
285                  String[] sname1 = tmp.split("#");
286                  String[] sname2 = sname1[sname1.length -1].split("/");
287                  String[] sname3 = sname2[sname2.length -1].split(":");
288                  String cname = sname3[sname3.length -1].replaceAll("-", "");
289                  classname2.add(cname);
290               }
291               String query=queryStr.toString();
292                for(int index=0;index<classname2.size();index++){
293                  String  original="c"+index;
294                  query= query.replaceAll(original, classname2.get(index));
295                }
296                query= query.replaceAll("\\?l","\\?label");
297                System.out.println(query);
298                return query;
299    }
300   
301    private static String rewriteSparql(String query){
302        StringBuffer tmp=new StringBuffer(query);
303       int index= tmp.indexOf("WHERE");
304       int begin=0,cnt=0;
305       while(begin<index)
306       {           
307          begin= tmp.indexOf("?c", begin);
308          cnt++;       
309     
310       }
311        return null;
312    }
313        private static List<String> convertJ2Path2(String jpath) throws JSONException{
314         List <String> list = null;
315           String temp =(String) jpath.subSequence(2, jpath.length()-2);
316      //  if (temp.contains(",""))
317             list =Arrays.asList(temp.split("\",\""));
318             return list;
319 
320     /*  JSONArray classLinks=new JSONArray(jpath);
321       String string;
322       
323       for (int i=0;i<classLinks.length();i++)
324       {
325            string = classLinks.getJSONObject(i).toString();
326            if (string.contains(",")) {
327             list =Arrays.asList(string.split(","));
328             
329       } else
330          throw new IllegalArgumentException("path error");
331               
332         }*/
333       
334       //   return list;   
335    }
336   
337    private static String convertPath2SPARQL2(List<String> path) throws Exception{
338        if( path == null ){
339                        throw new Exception("Path is null.");
340                }
341       
342                             
343                //List<String> classLinks = path.getClassLinks();
344               
345                StringBuffer queryStr = new StringBuffer();
346                StringBuffer selStr = new StringBuffer();
347                StringBuffer whereStr = new StringBuffer();
348        //      if(num==0){
349                //      int num = classLinks.size();
350        //      }
351                       
352                queryStr.append("PREFIX rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#>\n");
353                queryStr.append("PREFIX rdf: <http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#>\n");
354                               
355                selStr.append("SELECT ");
356                whereStr.append("WHERE { \n");
357
358                String properties = null;
359                String objectClasses = null;
360                String subjectClasses = null;
361                Direction direction = null;
362                int i = 0;
363                int k = 0;
364               
365                String startClass = path.get(path.size()-1);
366                List<String> classLinks = null;
367         //      ArrayList<String> array= (String[])path.toArray();
368             
369            //    classLinks.add(path.get(i));
370               
371                int num =(path.size()-1)/2;
372               
373                 for(int j=path.size()-2;j>0;j=j-2)
374                {
375                //      properties = link.getPropertyURI();
376                //      objectClasses = link.getLinkedClassURI();
377                //      direction = link.getDirection();
378                   properties =  path.get(j);
379                   objectClasses = path.get(j-1);
380                   direction = Direction.forward;
381                       
382                        if (i==0)
383                    subjectClasses = startClass;
384                       
385                        selStr.append("?c").append(i).append(" ");
386                        selStr.append("?l").append(i).append(" ");
387                       
388                //      if(i == path.size())
389                //              selStr.append("\n");
390                       
391                       
392                        whereStr.append("?c").append(i).
393                        append(" rdf:type ").
394                        append("<").
395                        append(subjectClasses).
396                        append(">").
397                        append(".\n");
398                       
399                        whereStr.append("OPTIONAL{\n?c"+i+" rdfs:label ?l"+i+".}\n");
400
401                                               
402                        if(direction == Direction.forward)
403                        {
404                        whereStr.append("?c").append(i).append(" ");
405                        whereStr.append("<").append(properties).append("> ");                   
406                        whereStr.append("?c").append(i+1).append(".\n");                       
407                        }
408                        else
409                        {
410                                whereStr.append("?c").append(i+1).append(" ");
411                                whereStr.append("<").append(properties).append("> ");
412                                whereStr.append("?c").append(i).append(".\n");
413                        }
414                       
415                        subjectClasses = objectClasses;
416                        i++;
417                        k++;
418                        if(k>=num){
419                                break;
420                        }
421                }
422               
423                selStr.append("?c").append(i).append(" \n");
424                selStr.append("?l").append(i).append(" \n");
425                whereStr.append("?c").append(i).append(" rdf:type ").
426                    append("<").
427                    append(subjectClasses).
428                    append(">").
429                        append(".\n");
430                whereStr.append("OPTIONAL{\n?c"+i+" rdfs:label ?l"+i+".}\n");
431       
432                                       
433                queryStr.append(selStr).append(whereStr);
434               
435                queryStr.append("}");
436                //OPTIONAL
437                queryStr.append("LIMIT 100\n");;
438               
439                System.out.println(queryStr);
440                return queryStr.toString();
441       
442   
443    }
444   
445}
Note: リポジトリブラウザについてのヘルプは TracBrowser を参照してください。