チェンジセット 173 : SPARQLBuilderWWW/src/java/org

差分発生行の前後
無視リスト:
更新日時:
2014/09/26 10:09:41 (10 年 前)
更新者:
atsuko
ログメッセージ:

bug fix

パス:
SPARQLBuilderWWW/src/java/org/biohackathon/SPARQLBuilder/OWL
ファイル:
2 変更

凡例:

変更なし
追加
削除
  • SPARQLBuilderWWW/src/java/org/biohackathon/SPARQLBuilder/OWL/AcquiredStructureAnalyzer.java

    r133 r173  
    3535         
    3636        public static void main(String[] args) throws Exception{ 
    37                 JenaModelGenerator jmGene = new JenaModelGenerator("c:\\temp\\reactomeF18s.ttl"); 
     37 
     38                JenaModelGenerator jmGene = new JenaModelGenerator("c:\\temp\\biosamplesF11.ttl"); 
     39//              JenaModelGenerator jmGene = new JenaModelGenerator("c:\\temp\\reactomeF18s.ttl"); 
    3840                AcquiredStructureAnalyzer impl  
    3941                        = new AcquiredStructureAnalyzer(jmGene.getEndpointURI(), jmGene.getGraphURIs(), jmGene.getModel()); 
    40 //              System.out.println("--------------------------"); 
    41 //              SClass[] scs = impl.getOWLClasses(null, null, null, true); 
    42 //              System.out.println("list classes:---------------"); 
    43 //              for(SClass sc: scs){ 
    44 //                      System.out.println(sc.toString()); 
     42 
     43                System.out.println("--------------------------"); 
     44                SClass[] scs = impl.getOWLClasses(null, null, null, true); 
     45                System.out.println("list classes:---------------"); 
     46                for(SClass sc: scs){ 
     47                        System.out.println(sc.toString()); 
     48                } 
     49                System.out.println("--------------------------"); 
     50                 
     51//              ClassLink[] cls = impl.getNextClass(null,"http://www.biopax.org/release/biopax-level3.owl#Protein",100,true ); 
     52//              for(ClassLink cl: cls){ 
     53//                      System.out.println(cl.toString()); 
    4554//              } 
    4655//              System.out.println("--------------------------"); 
    47                  
    48                 ClassLink[] cls = impl.getNextClass(null,"http://www.biopax.org/release/biopax-level3.owl#Protein",100,true ); 
    49                 for(ClassLink cl: cls){ 
    50                         System.out.println(cl.toString()); 
    51                 } 
    52                 System.out.println("--------------------------"); 
    5356                 
    5457        } 
     
    217220                queryStr.append(" {"); 
    218221                queryStr.append(" ?cr <").append(URICollection.PROPERTY_SB_OBJECT_CLASS).append("> <" + originClass + ">. \n"); 
    219                 queryStr.append(" ?cr <").append(URICollection.PROPERTY_SB_SUBJECT_CLASS).append("> ?d. \n"); 
     222                queryStr.append(" ?cr <").append(URICollection.PROPERTY_SB_SUBJECT_CLASS).append("> ?c. \n"); 
    220223                queryStr.append(" ?cr <").append(URICollection.PROPERTY_VOID_DISTINCT_SUBJECTS).append("> ?numLnkInsEnd. \n"); 
    221224                queryStr.append(" ?cr <").append(URICollection.PROPERTY_VOID_DISTINCT_OBJECTS).append("> ?numLnkInsStart. \n"); 
     
    277280                                if(ccls != null && dcls == null ){ 
    278281                                        // direction forward 
    279                                         direction = Direction.forward; 
     282                                        direction = Direction.reverse; 
    280283                                        clsURI = ccls.getURI(); 
    281284                                }else{ 
    282285                                        if( ccls == null && dcls != null ){ 
    283                                                 direction = Direction.reverse; 
     286                                                direction = Direction.forward; 
    284287                                                clsURI = dcls.getURI(); 
    285288                                        }else{ 
  • SPARQLBuilderWWW/src/java/org/biohackathon/SPARQLBuilder/OWL/OWLClassGraph.java

    r161 r173  
    2626        ClassLink classLink; 
    2727        List<ClassLink> path; 
    28         boolean converge; 
     28        //boolean converge; 
    2929         
    3030        public LinkAndPath(ClassLink classLink, List<ClassLink> path){ 
    3131           this.classLink = classLink; 
    3232           this.path = path; 
    33            this.converge = false; 
    34         } 
    35          
    36         public LinkAndPath(ClassLink classLink, List<ClassLink> path, String originalClassURI, boolean converge){ 
     33           //this.converge = false; 
     34        } 
     35         
     36        public LinkAndPath(ClassLink classLink, List<ClassLink> path, String originalClassURI){ 
    3737           this.classLink = classLink; 
    3838           this.path = path; 
    3939           this.originalClassURI = originalClassURI; 
    40            this.converge = converge; 
     40           //this.converge = converge; 
    4141        } 
    4242    } 
     
    8787        List<List<ClassLink>> paths = new ArrayList<>(); 
    8888        List<LinkAndPath> lp = new LinkedList<>(); 
    89         lp.add(new LinkAndPath(new ClassLink("",startClass,null,Direction.both,0,0,0,0,0,false,false), new LinkedList<ClassLink>(), "", false)); 
     89        lp.add(new LinkAndPath(new ClassLink("",startClass,null,Direction.both,0,0,0,0,0,false,false), new LinkedList<ClassLink>(), "")); 
    9090        try{ 
    9191          for ( int i = 0; i < nsteps; i++ ){ 
     
    9494              while ( lit.hasNext() ){ 
    9595                  LinkAndPath crrlp = lit.next(); 
     96                  /*if ( crrlp.classLink.getLinkedClassURI().equals("http://www.biopax.org/release/biopax-level3.owl#Pathway") ){ 
     97                      System.out.println("here!"); 
     98                  }*/ 
    9699                  ClassLink[] classLinks = rdfsa.getNextClass(null, crrlp.classLink.getLinkedClassURI(), limit, countLinks); 
    97100                  for ( int j = 0 ; j < classLinks.length; j++ ){ 
     101                      /*if ( classLinks[j].getLinkedClassURI().endsWith("http://www.biopax.org/release/biopax-level3.owl#BiochemicalReaction") ){ 
     102                          ClassLink cltmp = classLinks[j]; 
     103                      }*/ 
    98104                      List<ClassLink> crrpath = new LinkedList<>(crrlp.path); 
    99105                      crrpath.add(classLinks[j]); 
     
    118124                          } 
    119125                      } 
    120                        
    121                       nextlp.add(new LinkAndPath(classLinks[j], crrpath, crrlp.classLink.getLinkedClassURI(), false)); 
     126                      /* 
     127                      if ( classLinks[j].getDirection() != Direction.reverse ){ 
     128                         System.out.println("here b");  
     129                      }*/ 
     130 
     131                      nextlp.add(new LinkAndPath(classLinks[j], crrpath, crrlp.classLink.getLinkedClassURI())); 
    122132                  } 
    123133              }