横断検索ツールで「Galaxyへ送信」ボタンが表示されない

[t-hatakeyama]

横断検索のURL変更にともない、横断検索ツールで表示した横断検索の画面に「Galaxyへ送信」ボタンが表示されなくなっている。

• 旧URL  http://lifesciencedb.jp/dbsearch/
• 新URL  http://biosciencedbc.jp/dbsearch/

出なくなった原因を調べてみる。

Galaxyから横断検索の呼び出しは以下のURLに対して行われていたので、パラメータはそのままにホストの部分を変更してアクセスして「Galaxyへ送信」ボタンを表示させてみる。

(旧)  http://lifesciencedb.jp/dbsearch/?GALAXY_URL=http%3A//galaxy.dbcls.jp/tool_runner&tool_id=dbsearch_main&dbkey=dbsearch&sendToGalaxy=1&data_type=tabular

(新)  http://biosciencedbc.jp/dbsearch/?GALAXY_URL=http%3A//galaxy.dbcls.jp/tool_runner&tool_id=dbsearch_main&dbkey=dbsearch&sendToGalaxy=1&data_type=tabular

新URLをたたいてみたが「Galaxyへ送信」ボタンが表示されなかった。横断検索側のGalaxy連携機能が動かなくなっているように見える。

新URLをたたいてみたが「Galaxyへ送信」ボタンが表示されなかった。横断検索側のGalaxy連携機能が動かなくなっているように見える。

今担当者が捕まらなかったので確認はできなかったですが，1月に聞いた時点では，

横断検索はリダイレクトか何かの設定でURLをbiosciencedbcに変えただけで 本体は前のまま、DBCLSのサーバーにありますので、 URLを変えてくれれば、大丈夫だと思います。

という返事でしたが…

atsuko への返信

新URLをたたいてみたが「Galaxyへ送信」ボタンが表示されなかった。横断検索側のGalaxy連携機能が動かなくなっているように見える。

今担当者が捕まらなかったので確認はできなかったですが，1月に聞いた時点では， 横断検索はリダイレクトか何かの設定でURLをbiosciencedbcに変えただけで 本体は前のまま、DBCLSのサーバーにありますので、 URLを変えてくれれば、大丈夫だと思います。 という返事でしたが…

むむむ。念のため  http://test-galaxy.dbcls.jp/ の横断検索ツールを新URLに差し替えてみましたが、やはり「Galaxyへ送信」は出てこないですねえ。

一点気になる点がありまして。

昨年三月の納品時点では、横断検索（リリース版）はまだGalaxy対応がなされておらず、横断検索（開発版）につないでGalaxy連携のテストを行っていました。

その後、Galaxy対応はリリース版にとりこまれたのでしょうか？もしかして、年度末のゴタゴタのためGalaxy対応がとりこまれないままだったりして...

あー その可能性ありますね 担当者にメールしてきいときます

今サーバが落ちてるので試せないのですが，

galaxyに対応したスクリプトは /dbsearch/lsdb_lab/index.php なので、

そちらのURLの指し先が、 dbsearch/lsbd_lab になってる必要があるようです。

だそうです．月曜にでも試してもらってもよいでしょうか．

atsuko への返信

今サーバが落ちてるので試せないのですが， galaxyに対応したスクリプトは /dbsearch/lsdb_lab/index.php なので、 そちらのURLの指し先が、 dbsearch/lsbd_lab になってる必要があるようです。

• dbsearch/lsdb_lab にしたところ「Galaxyへ送信」ボタンは表示されるようになりました。
• ところが、「Galaxyへ送信」ボタンを押してもエラーが発生してしまいました。原因を調査したところ、下記JavaScriptのコードに古いサイトのURLが残っているのが原因のようでした

横断検索側の /dbsearch/lsdb_lab/main.js の594行目を以下のように変更するとうまく動きそうです。急ぎでなくてもOKですので、この件を横断検索チームへご報告いただけますでしょうか。

// 現状のコード（エラーがでる）
              buttons: [{                     text   : '送信',
                     arrowAlign:'bottom',
                     handler: function() {
                                                 
                          if (gal_fp.form.isValid()) {
                          //alert(gal_url);
                               //var gal_param = preSearch({});
                               gal_param.tool_id=gal_toolid;
                                   gal_param.dbkey=gal_dbkey;
                                   gal_param.data_type=gal_datatype;
                                   gal_param.URL="http://lifesciencedb.jp/dbsearch/lsdb_lab/"; // 古いURLなままなので...

// ここを直すとうまく動きそう
              buttons: [{                     text   : '送信',
                     arrowAlign:'bottom',
                     handler: function() {
                                                 
                          if (gal_fp.form.isValid()) {
                          //alert(gal_url);
                               //var gal_param = preSearch({});
                               gal_param.tool_id=gal_toolid;
                                   gal_param.dbkey=gal_dbkey;
                                   gal_param.data_type=gal_datatype;
                                   gal_param.URL="http://biosciencedbc.jp/dbsearch/lsdb_lab/";  // 新しいURLに変更する

横断検索側に上記直していただきました． ご確認いただければと存じます．

atsuko への返信

横断検索側に上記直していただきました． ご確認いただければと存じます．

無事動くようになりました！  http://test-galaxy.dbcls.jp/ で動作することを確認しました。